韩西林将沈先知明天要出院的事情告诉丁远志，丁远志极力想把她留下来，但韩西林觉得把她留下来可能会更危险，他想的是等沈阿姨病好一点了，他再亲自去找她。沈先知要出去散步，赵先生陪她出去，后来留了她独处，正好王恒之经过，便试图问她认不认识自己。沈先知绞尽脑汁地想，但一时想不起他的名字，只是潜意识里知道王恒之是坏人。郝大卫恰好碰见王恒之和沈先知面对面，他立刻转身想走，被王恒之叫住，王恒之吩咐他把沈先知送回病房。
林姨还是没有醒过来的迹象，丁远志拿着饭盒站在重症监护室外，几乎站成了一座石雕。当晚，沈阿姨在病床上没有睡着，苦想之后突然记起，刚才那个医生名字叫王恒之。第二天，丁远志他们送沈阿姨和赵先生出院，韩西林和丁远志有事要请赵先生帮忙，便到一边儿说话。他们主要是希望，如果沈先知想起了关于九院的事，赵先生能及时通知他们，赵先生答应了。司徒把王恒之叫到办公室，给他介绍了一个曾经是上海东浦医院神经内科的主任刘智森教授。
王恒之顿时明白了，司徒想让这个对九院什么都不了解的刘智森教授来担任神经内科主任。这么以来，王恒之想取代林雅婕成为主任的愿望破灭了，碍于面子，王恒之还得对刘智森礼遇有加，带他熟悉九院。不过刚从院长办公室出来，他就说自己有事要忙，让人带刘智森熟悉九院。丁远志接到电话，得知林雅婕醒了。韩西林赶紧和他前去，林雅婕人虽然醒来，但意识还没有恢复，对外界也没有任何反应，司徒看在眼里，痛在心里。
正好人都在，她宣布了刘智森暂时代替林雅婕主持神经内科的工作的事情，同时让韩西林他们五个人继续推进化瘤丹的改良工作，她提议这个化瘤丹改良的领头人还是林雅婕。戴繁荣在一边，听到这话后看了一眼王恒之。王恒之也没想到林雅婕虽然这副模样，司徒却仍旧让她当领头人。随后司徒把王恒之叫进办公室，讲自己这么安排的原因，希望王恒之能理解。既然司徒已经当着众人的面这么宣布了，王恒之即使想反对，他也没有办法。
韩西林上次在查尔图的车上看到的那个黄毛小子，由他的父亲带来九院做检查了。患者叫卢宁，有写字串行的症状，症状已经持续一年，韩西林让他先去做个颅内核磁共振检查。从刚刚开始，郝大卫就心不在焉，韩西林提醒了他几句，却也没太在意。核磁共振结果出来后，是脑白质病变，这是很严重的，韩西林立即收卢宁入院，同时让卢宁的父亲做好心理准备。
王恒之猜到那天晚上郝大卫听到了什么，于是用话提醒他，让他知道什么该说，什么不该说，王恒之还提到了郝大卫喜欢的李翘医生。如果郝大卫足够聪明，就能听得出来王恒之这是在威胁。
林雅婕虽然醒了，但还是不认人，王恒之装出一副很关心林雅婕的样子，旁边的丁远志和潘小艾都没有起疑。韩西林初步怀疑卢宁是遗传代谢病，所以他想让卢宁转到丁远志的精准小组做一次基因检测，丁远志二话不说就答应了。王恒之独自一人在办公室，回想起了和丁学坤忙集资时候的事。当时丁学坤很高兴地为王恒之庆生，王恒之却告诉丁学坤，他把沈先知集资的两百万给了查尔图中医院的谷麦子院长用来研究化瘤丹的改良了。
王恒之求丁学坤把仓门基金的善款给他来补这个窟窿，丁学坤当即让他去跟司徒院长和有关部门自首。王恒之狗急跳墙，拿出日本救心丸配方上面的专家名字，因为上面也有丁学坤的名字，他以为丁学坤倒卖了救心丸的配方给日本医药公司，意欲用这件事来威胁丁学坤。没想到丁学坤不吃这一套，即便他自己真的因此名誉扫地，他也不在乎。潘小艾把办公室的门牌换成了化瘤丹改良小组，这下化瘤丹改良小组总算是要启动工作了。
韩西林希望这个改良工作能在三个月内完成，时间很紧，所以他们要抓紧时间。与此同时，王恒之也和一个人打电话说，等他拿到化瘤丹改良小组的数据，他就离开九院。卢宁的病确定为苯丙酮尿病患者，一辈子都要低酮饮食，但对生命健康却没有太大的影响。韩西林决定给他一本食谱，然后就可以出院了，回家注意低酮饮食即可。而接下来卢宁所说，让韩西林顿时觉得不对劲，他说反正第九医院的医生老去查尔图县。
韩西林立即问他认不认识去查尔图流调的医生是谁，卢宁并不知道，韩西林于是把他带到医院神经内科室上的专家团队照片上辨别，卢宁认出了王恒之。韩西林想起之前问过师叔有没有去过查尔图县，当时王恒之否认了，现在看来，王恒之当时对韩西林撒了谎。韩西林继续问他关于王恒之去查尔图医院的具体细节，然后让卢宁帮他一个忙。李翘注意到郝大卫最近心不在焉，就关心了他几句，郝大卫只是道了谢，接到王恒之的电话就往他办公室去了。
王恒之看中郝大卫老实本分的性格，他先是拿出实习医生的评价表给他看，明里暗里提醒他，如果他听自己的话，就能顺利通过考核，即便在专业能力上有所欠缺也没事。而作为一个实习医生，郝大卫能进入化瘤丹改良小组，也是有用意的。王恒之笑着跟他说，之所以让他进入化瘤丹改良小组，是因为院里有重要的任务要交给他。韩西林自从知道王恒之与自己所查之事有关联的时候，他就满面愁容，潘小艾看出来了，和丁远志说最近大家都怪怪的。
韩西林去看了一眼林姨，当时李翘正在照顾她，韩西林在外面和林姨对视了一眼。
林雅婕已经能认人，但是她把韩西林认成丁远志，她的记忆停留在丁远志还小的时候，问起他的功课，还让他把韩西林叫来，说自己给他们包饺子吃。韩西林听到这话，眼泪止不住地涌上眼眶。有个十岁的患者王芷蘅，刚转到第九医院，检查结果疑似是脑胶质瘤，郝大卫将此事告诉韩西林，韩西林随即和丁远志一起去看这名患者，实验室先让郝大卫在这儿看着。第二天，神内和神外的会诊刚结束，王恒之就将此事报告给司徒，并询问将患者留在神内还是神外。
司徒想起和瑞典的合作，以及化瘤丹，心里已经有了判断，但她却问王恒之是什么意见。王恒之说，如果留在神内，就交给中西医结合小组，他们正好在改良化瘤丹。司徒正是这么想的，便说按王恒之说的办。王芷蘅年纪太小，病症又严重，既不能做手术，只能保守治疗。潘小艾很为这个孩子惋惜和痛心，于是想到了能不能用化瘤丹帮助孩子治疗。沈先知回家后想起了认识丁学坤的经过，把这些事写进了一封信，让儿子务必交给丁远志和韩西林。
两人在沈先知的信中得知，她和丁学坤在私立中医院院长谷麦子的介绍下认识，由王恒之牵头成立医学研究小组，针对查尔图的地方病做医学研究。沈先知捐资一百四十万，加上另一个捐赠人王国栋的十万，以及九院的四十万，一共是有两百万的善款资金。谁知等流行病学调查研究结束，医疗点的建设居然石沉大海，说好的捐医捐药，最后竟只是草草地运来一些库存等价的维生素和基本药物。沈先知来燕京找过王恒之，但并没有得到一个满意的答复。
后来丁学坤找过沈先知，诚恳地向她道歉，并归还了那两百万。看完信，丁远志十分气愤，准备去当着司徒院长的面和王恒之理论清楚，被韩西林拦下来，现在还不是揭穿王恒之的时候。韩西林对胡叔和李叔说，自己想给王芷蘅用化瘤丹，但他们都不同意，毕竟化瘤丹现在还只是在改良阶段。韩西林没再说什么，让他们帮自己一个忙，那就是调查查尔图中医院的谷麦子院长。王芷蘅突发癫痫，丁远志看过后，韩西林也来看了一遍。
随后韩西林让潘小艾带苗豆豆去查房，借此支开他们，对丁远志说自己想给王芷蘅用化瘤丹。丁远志自然不同意，但韩西林明白，依照王芷蘅现在的情况只能搏一把。郝大卫把化瘤丹改良的一些数据交给了王恒之，如愿获得王恒之的青睐，也顺利通过了实习医生的考核，王恒之还让他下个月跟自己一起去日本参加医学交流会。哪怕这些并非是他自身努力而得来，郝大卫还是非常高兴。当晚，韩西林拿了一颗化瘤丹，潘小艾给他打掩护。
韩西林让潘小艾拿药进去，自己则在外面看着。王芷蘅还是个孩子，当知道有一种药能够救自己的命，他虽然不发一语，但是眼神泄露了他真正的想法。
看出了王芷蘅的犹豫，潘小艾继续说了几句，最终王芷蘅心甘情愿地吃了药。郝大卫经过，看到韩西林在窗口看着病房里的潘小艾和王芷蘅。郝大卫借着要学习的幌子，站在一旁看，亲眼看到潘小艾给了王芷蘅一枚药吃。他问韩西林那是不是化瘤丹，韩西林说那是山楂丸。郝大卫听出了他语气里的玩笑，心下立刻确认那就是化瘤丹，韩西林擅自给患者用化瘤丹。当晚，韩西林还给王芷蘅开了提高免疫力的处方，潘小艾由衷地说他是一个好医生。
也是当晚的时间，郝大卫打电话向王恒之告密说韩西林带着药去了王芷蘅的病房，王芷蘅吃下了韩西林带来的药。第二天，韩西林淡然地把自己擅自给王芷蘅用药的事一说，丁远志勃然大怒，王恒之在门外听到他们的争吵，确认韩西林真的擅自给患者用了药。等韩西林出来，王恒之依旧保持一副慈祥长者的模样，叮嘱他不要太劳累。韩西林也演着戏，等王恒之一走，韩西林脸上的笑容顿时就消失不见。如果不是早有证据，他不会怀疑这个看似老实憨厚的师叔。
在这之后，韩西林和潘小艾定时去给王芷蘅用化瘤丹。王芷蘅毕竟是中西医结合小组的患者，丁远志也不能说什么，只能期待化瘤丹有疗效。但有一晚，王芷蘅突发了两分钟的癫痫，韩西林把护士叫去做事之后，悄悄吩咐潘小艾再去实验室拿两杯化瘤丹，他要给王芷蘅加大药量，只能搏一把了。而就在潘小艾要拿药去病房的时候，被王恒之叫住问化瘤丹改良的进展，以及韩西林有没有给王芷蘅用化瘤丹。潘小艾顿时警觉，否认了王恒之的猜想。
加大药量之后，王芷蘅的症状明显好转。司徒院长却在此时把韩西林叫到办公室，一同在办公室的还有丁远志和王恒之。不知怎的，司徒知道了韩西林擅自给患者用化瘤丹的事，她大发雷霆，当着韩西林的面说明天就让王芷蘅办理出院。韩西林也不甘示弱，如果他明天看不到王芷蘅，他就把化瘤丹的配方和所有改良数据删掉。说完，韩西林头也不回地离开院长办公室。双方都正在气头上，谁也不让步，王恒之不能眼睁睁地看着化瘤丹配方和改良数据被韩西林删了，他给谷麦子发了消息，决定今晚就动手。
大雨之夜，郝大卫告诉王恒之，自己确认韩西林已经离开，王恒之便让他在老中医楼下等着。王恒之顺利进入实验室，将优盘插上电脑拷贝数据，天空一声惊雷，让王恒之想起了很多事，他委曲求全了这么多年，谋划了这么久，虽然在九院混上了一个神经内科的副主任，但还是得不到司徒的重用。现在，在这个雨夜，只要他能把配方和数据拷贝下来，带离九院，他就可以凭借这个化瘤丹翻盘，一雪前耻。
王恒之将化瘤丹的数据和配方拷贝到U盘里，然后关好实验室的门出去，但外面的铁门却被人锁住了，铁门外还站着一个穿着黑色雨衣的人。他以为那是郝大卫，等对方转过身来竟然是韩西林。王恒之反应迅速，立即又换成那副长者模样，解释说自己来看看监控该安在哪个地方合适。韩西林从始至终，用失望的眼神看着王恒之编造谎言，然后适时揭穿了他的真面目。
当年王恒之为化瘤丹改良小组跑前跑后四处求人筹集经费，但最后化瘤丹小组人员名单出来，上面却没有他的名字。直到接触到查尔图县和中医院院长谷麦子，他便动了歪心思，把沈先知集资的两百万给了谷麦子改良化瘤丹，但没想到化瘤丹没改良成功，两百万也打了水漂。王恒之只好找丁学坤帮忙，甚至不惜和以举报相威胁，而丁学坤刚正不阿，根本不怕王恒之的举报。
后来王恒之狗急跳墙，给司徒递交匿名信，丁学坤被司徒和韩阔海逼着交出化瘤丹配方，丁学坤知道一旦交出化瘤丹，接下来就要进行双盲实验，这是他最不愿意看到的。而丁学坤的清廉的一生，也被王恒之毁了，最终患了抑郁症自杀。即便韩西林所说与王恒之做过的毫无出入，但他还是企图继续演戏。韩西林说出卢宁帮他查到的线索，铁证如山，王恒之仍然执迷不悟，韩西林已经对他失望透顶，开了锁，让他去自首，然后跑离了老中医楼。
王恒之下楼一看，灯蓦地被人打开，司徒、戴主任、丁远志等人都在。这一切，要从郝大卫向韩西林坦白的时候说起。郝大卫并非贪慕荣誉之人，所以在王恒之利诱他的时候，他就将此事告诉了韩西林，后来又按照韩西林的安排将计就计，司徒也帮丁远志和韩西林演了戏，最终王恒之急于偷数据，被抓了个现行，两人还让保安在老中医楼安装了监控，王恒之的所作所为都被记录了下来。走出老中医楼时，外面已经有一辆警车在等着。
王恒之在九院工作了三十六年，他把这里当家，但回馈他的并不是他想要的，一个老实人踏出了犯罪的那一步，一失足成千古恨。韩西林遭受的打击不小，当晚喝了许多酒，第二天醉倒在地上直接睡了。潘小艾告诉郝大卫，李翘明天就要出国去巴基斯坦做三年的基层医疗建设，郝大卫立即莽撞地跑过去跟她表白，却意外得知她明天要去的是日本，而且是参加交流会，三天就回来了。郝大卫这才醒悟，被潘小艾骗了，但潘小艾也推动了郝大卫和李翘表白。
那幅写着东方升起 动而为风的字画被打湿后，丁远志意外发现上面有两个电话，经过查验，其中一个电话是保险公司的，另一个是丁学坤生前的心理医生李德。他们先去找李德，了解了丁学坤的一些事情，然后从保险公司那里取回丁学坤的东西。两人坐下来，一起看丁学坤生前给他们留下的视频，这也意味着他们已经心无芥蒂，能够一起合作了。
丁学坤在视频中让西林和远志记住，作为医生，就是要帮病人摆脱痛苦，这比任何人任何事都要重要，这一生，名利是带不走，污点是抹不掉的。看完视频的丁远志和韩西林，流下了眼泪。对于丁远志来说，他与父亲多年的隔阂在此时此刻已经烟消云散，也是这一刻他才知道，父亲一直很关心他，每年都给他准备篮球鞋作为生日礼物，只是当时的丁远志对丁学坤只有恨意，忽略了父亲为他所做的一切。
在老宅里的柜子里，丁远志看到了满柜子的球鞋，心里只觉得愧疚和遗憾。丁远志放下了成见，让韩西林教自己吹口琴，韩西林知道他这话意味着什么，笑着答应了。司徒把丁远志和韩西林两人叫到办公室，王芷蘅的脑胶质瘤有变小的迹象，说明化瘤丹的改良起了效果，所以司徒联系了各大医院，找到了合适的患者，他们都愿意尝试新药，接下来就是要推动双盲实验，韩西林却极力反对进行双盲实验。
韩西林愤怒地出了办公室，留下丁远志。他也是化瘤丹改良小组的，司徒给他和韩西林一天的时间考虑，总之在化瘤丹这件事上，她不会做出任何让步。丁远志出了院办，想了一会儿，给韩阔海打了电话。韩西林决定收养王芷蘅，而如今这个局面，看来他又要回内蒙古了。韩阔海约见司徒，经过王恒之的事情后，韩阔海对化瘤丹上市这件事已经转变了看法，并劝说司徒不要把院长这个角色看得太重。
然而韩阔海想得通，转变得快，司徒院长却并不这么想，她也没有被韩阔海说服。她始终认为九院要创新，要发展，就必要让化瘤丹上市，造福更多的人。如果不上市，只在院内使用，那么化瘤丹存在的意义不大，所以司徒坚持己见。从韩阔海那里离开，司徒在车上接到了电话，说的是关于林雅婕的事，司徒立即让司机回九院。原来是林雅婕的家人来了，正在停车场等着，要把林雅婕接回家里照顾。
林雅婕的记忆停留在以前，这让司徒心酸不已。她们是师姐妹，是几十年的同事，感情非比寻常，林雅婕要离开九院，最痛心的莫过于司徒。丁远志和韩西林去看守所看王恒之，但临了韩西林还是没进去，让丁远志帮自己带王恒之爱吃的瓜子给他。最后王恒之没有收，他让丁远志转达给韩西林的一句话是，自己不怨他。韩西林得知后，终于露出了释然的笑容。一天过去了，两人去到司徒的办公室。
令他们意外的是，司徒秀赢改变了要把化瘤丹上市的决定，还在公告上签了字，公告上显示化瘤丹将持续在院内使用，药品上市计划无限延期。第二天，丁远志和韩西林去看了丁学坤，丁远志还在父亲墓前吹起了自己刚学不久的口风琴。不久后，人工智能诊断机器人医小墨在全国范围内上市，九院为其提供医疗技术支持，瑞典卡罗琳医院与九院双方的合作也终于达成。
全剧终。
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