神奇宝贝超级愿望第1集剧情介绍
为了邂逅从未见过的神奇宝贝，探访尚未踏足过的城镇，小智和皮卡丘来到全新的冒险舞台——合众地方。刚抵达这片新天地，他们正因即将展开的旅程兴奋不已，眼前便出现了当地神奇宝贝研究的权威人物红豆杉博士。众人随即一同前往博士的研究所。就在这时，天空忽然被黑云笼罩，雷声轰鸣不断；云层中央，浮现出一个仿佛黑色巨大宝可梦般的影子。紧接着，那道影子释放出的雷电直接击中了小智的皮卡丘。皮卡丘双颊持续放电，显得十分痛苦，大家赶忙把它带到博士的研究所进行详细检查。然而检查结果出乎所有人的预料：皮卡丘竟然无法再使出电系绝招了。以这样的混乱状况作为开端，小智与皮卡丘在合众地方的旅程究竟会走向何方？
神奇宝贝超级愿望第2集剧情介绍
尽管皮卡丘身上出现的异常变化让人摸不着头脑，小智一行人还是决定继续在合众地方展开旅行。为了收服当地的神奇宝贝，他们首先走进森林，没多久便注意到一处草丛正摇摇晃晃地动着。小智赶紧拿出图鉴确认，图鉴显示那是被称为'牙神奇宝贝'的牙牙。小智见状立刻抛出神奇宝贝球，打算将它收服。没想到神奇宝贝球击中草丛后，传出来的竟然是人的声音。紧接着，从草丛里冲出来的并不是牙牙，而是一个女孩子。她的名字叫艾莉丝，而小智原本想收服的牙牙，正藏在她的头发里。这位突然现身的神秘少女，究竟有着怎样的真实身份呢？
神奇宝贝超级愿望第3集剧情介绍
小智把第一座道馆所在的三曜市定为最初的目的地，继续踏上旅程。随后，不知出于什么原因与他结伴同行的艾莉丝，也和小智一起前进。途中，他们遇见了一名叫阿丹的少年。阿丹的家似乎就在附近经营着一间温泉度假旅馆，而旅馆里最让他感到骄傲的，正是独具特色的沙浴。
就在小智等人准备体验沙浴时，周围却接连出现了被称为'沙漠鳄鱼神奇宝贝'的黑眼鳄。按照阿丹的说法，这些黑眼鳄平时性情十分温和，还会和训练家一同享受沙浴。然而眼前的黑眼鳄们却一反常态，突然开始拼命挖掘地面，举动显得相当异常。
随着它们挖掘时扬起的烟尘弥漫开来，一只戴着墨镜的黑眼鳄现身了。面对惊讶不已的小智一行人，它毫不理会，张开大嘴便将皮卡丘、牙牙，以及偷偷跟来的水水獭一并带走。那只戴墨镜的黑眼鳄究竟有什么目的？
神奇宝贝超级愿望第4集剧情介绍
小智一行人继续朝三曜市前进，旅途中经过一座城镇时，发现了一处颇有意思的设施。那里名叫「神奇宝贝对战俱乐部」，是训练家们能够自由进行对战的地方。充满斗志的小智一看到便立刻冲进俱乐部。负责接待他们的，是这间俱乐部的经理东?乔治。双方交谈之后，东?乔治很快注意到小智带着在合众地方并不常见的皮卡丘，于是安排他登场对战。比赛随即展开，然而就在小智准备抢先发动猛烈攻击、取得优势的时候，刺耳的警报声突然响起。原来似乎有人闯进了仓库。众人调出监视摄影机拍下的画面进行确认，没想到出现在影像中的竟然是……
神奇宝贝超级愿望第5集剧情介绍
小智一行人终于抵达了三曜市。想到即将在合众地方迎来自己的第一场道馆赛，小智显得格外兴奋。就在这时，一名名叫天桐的青年出现在他们面前。天桐注意到艾莉丝和牙牙之间相处得十分自然，便判断他们的适性相当不错。原来，天桐拥有'神奇宝贝酒侍'的资格，能够看出训练家与神奇宝贝之间是否合拍。由于难得遇见这样的人，小智等人便一边与他交谈，一边请他带路前往三曜道馆。没过多久，他们终于看见了期待已久的三曜道馆。小智立刻进入战斗状态，迫不及待地冲了进去。然而，出现在建筑物里的景象却完全出乎意料，让人不禁怀疑是不是走错了地方。
神奇宝贝超级愿望第6集剧情介绍
道馆赛结束后，小智一行人来到神奇宝贝中心，准备让在比赛中疲惫不堪的神奇宝贝好好恢复体力。就在这时，艾莉丝抱着牙牙匆匆冲了进来。她怀里的牙牙全身泛着淡淡的粉红色光芒，陷入沉睡之中，无论怎么呼唤都没有反应。按照艾莉丝的说法，牙牙睡着之后就再也叫不醒了。众人正因为这突如其来的状况感到不解时，一名带着'食梦神奇宝贝'食梦梦的女性出现在他们面前。她自称真菰博士，似乎清楚牙牙昏睡不醒的原因。为了弄明白并解决这件事，小智一行人立刻离开神奇宝贝中心，没想到外面正出现令人震惊的异象：粉红色的光点不断从天空飘落，君莎小姐也随即发布紧急警告，整座城市因此陷入一片恐慌。
