16-30集
十三格格病情好转，醒来后见到林一中在床前，两人相拥而泣。十三格格和七贝勒设计引师爷上当，秦师爷供出张盛藻是幕后黑手，罪犯被一网打尽。 慈禧兴致勃勃地去观看新买来的军舰进行演习，结果演习屡屡出错，经调查原来问题是出现在炮弹上，慈禧命令七贝勒查出真相，胡万才因此事被捕入狱。十三格格和林一中厌倦了官场上的政治斗争，请求太后允许他们外出旅游。慈禧为了安抚十三格格和林一中，应允他们可以先定婚。
《清流报》第一篇文章就报道了杨乃武含冤入狱的事，引起了老百姓的关注和称赞，顽固派的老夫子们害怕《清流报》，集体来到颐和园宫门前跪地示威。在午门，守城的官兵和李连英手下的小太监发生了冲突，守城军官周玉林被抓。午门事件使李连英和七贝勒更加记恨林一中，他们秘密印刷辱骂李连英和慈禧的小海报来嫁祸林一中，十三格格知道此事，劝说林一中不要再参与政治。林一中、宋刚等人在茶楼议论朝政，被人跟踪遭到伏击，林一中被打中胸口生命垂危。
皇上登基执政的日子快到了，李连英为了支持慈禧继续垂帘听政，怂恿七贝勒游说大臣们在劝进书上签名。为了躲避朝廷的追杀，林一中建议宋刚男扮女装随洋医生进入颐和园。
慈禧腰痛打了几针都不见好，便要求由宋刚假扮的女护士为她按摩，宋刚的按摩使慈禧解除了病痛，慈禧大喜，要将宋刚留在宫中，危难之时老杨带着戏班子进入颐和园利用变戏法将宋刚救出宫。慈禧得知林一中是太平天国将领的后代，要满门抄斩林家，十三格格为了救林一中，只好违心与林一中解除婚约，与七贝勒结婚。
新婚之夜，十三格格出逃去见林一中，七贝勒赶到，发现两人在一起，怒不可遏，发誓要与林一中决一死斗。决斗场上林一中中枪身亡，十三格格听到枪响从马上跌落，她来到决斗场上看到林一中倒在血泊中，悲痛欲绝。七贝勒见十三格格无法再原谅自己，主动请缨去边关打仗。林一中的死使十三格格万念俱灰，从此隐居不再过问世事，慈禧失去了左膀右臂，大清国危在旦夕……