燕王包围了皇宫以后，却不敢擅自闯宫，他令部下严守皇城，不准任何人出入，打算在天明后才入乾清宫。 趁着夜色，建文帝和徐妙云化装成一僧一尼，从地道里爬出了皇宫。 奉天殿内，马皇后悲壮地穿着龙袍皇冠，代替建文帝在朱元璋的神像前自焚了。 奉天殿一着火，朱棣立即以救火为名闯入宫内，他首先来到毓秀宫，又来到坤宁宫，但都没有找到徐妙云，他万分失望。 金殿外，文武百官对燕王朱棣的到来十分冷淡，抵触情绪严重，御史连根欲刺杀燕王，未成而被燕王所杀。 众大臣皆一口咬定皇上已自焚殉国，燕王将信将疑，而道衍在奉先殿发现一缕青丝，再经过对太监王钦的询问，怀疑建文帝和徐妙云尚在人世。
