郭鸿翔到兖州后马上召集包括吴兴武等在内的多名官员训话，认为当中必定有人诬告钦差大臣。通判胡宁和知县黄耐东、知县赵兴成求见郭鸿翔，承认举报信是他们三人所发，原因是秦升曾分别和他们谈话，名义上了解赈灾事务，言语中暗含敲诈之意。郭鸿翔据三人证词奏明朱元璋。朱元璋决定亲赴兖州查办此案。秦良纲于途中觐见朱元璋。朱元璋准其随从前往兖州探望秦升。
朱元璋在兖州府衙大堂御审秦升，胡宁、黄耐东、赵兴成等人出庭作证。胡宁还招认派往京城给秦家送去书箱的商人王克勤是他的朋友。朱元璋提审王克勤，王在堂上指认命他送书箱回家的就是秦升。在而后的审讯中，胡宁等人坚持原来的供词。
案情对秦升不利，朱元璋向张子恭询问秦升的情况。张子恭表示并没有发现秦升有索取贿赂嫌疑，不过，他透露曾有女子半夜出入秦升的房间。朱元璋无奈之下命郭鸿翔审讯秦升。
秦升在酷刑之下招认曾分别向胡宁、黄耐东、赵兴成索贿共计黄金三百四十两，白银五百一十两，以及金银首饰、珠宝首饰七件。又怕带在身边不便。故命胡宁安排商人王克勤替他将财物送往家中。鉴于秦升受刑中腰椎病发作，朱元璋命人将其暂押在狱中。
收押秦升后，朱元璋命张子恭继续视察赈灾事务，而后一行人离开兖州。