《佛渡有缘》从大将石慕云（金超群饰）开始叙述。石慕云军功赫赫，自然在战场上杀人无数，自感罪孽深重，希望剃度出家，不料住持不愿意收他为弟子，石慕云只好自行剃度，改称石头和尚。隋末朝廷黑暗，贪官污吏数不胜数。一日，一名黑衣女子刺杀坐轿而行的一个贪官，被其手下刺伤，石头和尚出手救了她，并表示如此怎杀得尽贪官。黑衣女子却道，她无父无母，无牵无挂，对这些贪官能杀一个是一个。石头和尚被感动。后精通医术的石头和尚又救了一个身怀绝症的女子。两名女子坚持要拜石头和尚为师，石头和尚无奈只得答应了，但他要求两人放弃俗家名字，改名为阿舍（杨丽菁饰）、阿得（徐静蕾饰），然后教阿舍武功，教阿得医术。石慕云昔日好友——大将江成枫逐年老去，膝下有一子一女。儿子江小楼（杨仲恩饰）初掌兵权，得意非凡，犯下了一个致命的错误——滥杀无辜，屠杀赵村的所有村民，只有赵根（卢星宇饰）死里逃生，发誓要为全村人报仇。江小楼自以为掌握了兵权，其实这一切都被将军石涛（王刚饰）控制着。石涛有一义子石惊天（邵峰饰），本性善良，因碍于母亲的命令而答应为石涛办三件事，其中一件就是三个月内保护石涛的安全。赵根自不量力报仇，被抓了起来。阿舍、石惊天因同去救赵根而相结识，一见钟情，为日后埋下了剪不断、理还乱的情丝。石涛放了赵根，并交给他一队乌合之众，要求他去报仇，目的是要打击江成枫一家，并添加自己的军功。石惊天向阿舍表白自己的心意，不料阿舍因为害怕受到伤害而居然拒绝。石惊天误以为阿舍对赵根有情而愁眉不展。石惊天曾救过一对苗疆兄妹冷炎（王冰饰）、冷雨（苗红饰），虽名为手下，实情同兄妹，尤其是冷雨早已对主人暗生情愫。江小楼在苦竹精舍经石头和尚指点决定收敛，不滥杀无辜，同时也爱上了阿舍。但阿舍早已心系石惊天，怎会接受江小楼？江小楼认为一个黄毛丫头都不把他放在眼里，随随便便就拒绝了他，回家自暴自弃。小妹江小婵劝他不能轻言放弃，要让阿舍慢慢感觉他的好。江小婵找到赵根，表示愿意牺牲自己，请求他放过兄长。不料赵根得到了她却翻脸不认人，转将江小婵送给石涛。石涛对自己的新夫人十分满意。江成枫上门要女，石涛拒绝，并谎称江小楼已经战死，江成枫被活活气死，夫人徇情。石头和尚气愤至极，与阿舍夜闯侯爷府。三个月期限未到，石惊天不得不阻止了阿舍进侯府，却阻挡不住武功高强的石头和尚。但碍于普渡众生的和尚身份，石头和尚打伤了石涛，却下不了手杀他。石涛大笑：阿舍可以杀他，却被石惊天阻挡接近不了他；石头和尚可以接近他，却下不了手杀他。江小婵假称给石涛买药，到了阿得所开的药店内，终于得知自己双亲的惨死。她将一副祖传的药方交给阿得，阿得看出有一味药不对，不愿害人，但提醒江小婵可去别处补上最后一味。江小婵佩服阿得的医术，抓完药，回侯爷府煎药。生性多疑的石涛并不接受江小婵的药，江小婵自己先尝了一口，石涛才终于喝下了毒药。临死之前，江小婵穿上孝服，为父母发丧。狡猾多端的石涛怎么也想不到自己竟死在一个不懂武功的弱女子手上。恶战终于开始，江小楼与赵根一一对决，约好决不牵联手下。在两败俱伤以前，江小楼与赵根的仇恨终于化解，赵根决定隐居，不问世事；江小楼决定投奔李世民，真正干一番大事业。