2020年的开端令全国人民揪心，本应欢庆祥和热闹的春节，生离死别却在湖北各地出现，这场保卫生命的疫情战争打响，为阻断疫情进一步扩散，武汉临时开设多个方舱医院救治生命，无数名医护人员对着国旗宣誓誓死战胜疫情挽救更多生命，而武汉体育中心的方舱医院有位叫花悦音的护士长，是个牙尖嘴利快人快语快心肠的人。方舱医院住着很多人，有位五岁的小姑娘叫章洁，章父不忍心告诉小小年纪的章洁新冠疫情这个可怕的病魔，对小章洁撒了善意的谎言，将方舱医院比作大轮船，而小章洁与爸爸妈妈们一起漂浮在海上进行航海冒险。小章洁很顽皮活泼，是方舱医院的团宠，她时而逗逗正在复习高考的小哥哥游滩，时而穿梭在方舱医院躲避她口中的 “船长哥哥”付小舟，还会在陈允哥哥身边看着图书。
方舱医院来了位新护士叫夏馥，付小舟将她比作大轮船的二副，小章洁以为她是个和花悦音一样凶巴巴的姐姐，可是付小舟告诉小章洁，夏馥姐姐很厉害，于是小章洁便乖乖听话吃药，她为了集齐船长之星打开宝藏在很努力的对抗新冠。幸运的是，小章洁和章母都已经转成阴性，再观察几日就可以出院，只不过章父的情况不乐观，付小舟叮嘱章母和小章洁要与章父保持距离避免再次复发。方舱中有位叫武清的阿姨老想着去外边透气，夏馥只好时时刻刻盯着她却又惹得武清不耐烦，小章洁看见武清对夏馥生气出手维护，武清见她是个可爱的小孩便作罢放弃与夏馥纠缠。
章父告诉小章洁在船上不能随便打扰海洋生物，小章洁不懂得人与人之间特殊的交往，可是她明白要永远与爸爸妈妈在一起，一家人永远不分开，一家三口手拉着手互相鼓励，可是章父高烧不退呼吸困难，章母着急去喊花悦音，花悦音为章父诊治时，小章洁一直阻挠并且坚持认为爸爸没有生病，花悦音急忙推开小章洁，好在付小舟赶来安抚小章洁情绪，又让花悦音为章父输氧，情况得到了缓解，可是付小舟看着小章洁可怜的小模样又忍不住心疼。花悦音认为应该结束大船游戏告诉小章洁实情，因为最后得知真相才是最残忍的事情，可是付小舟作为方舱医院的呼吸内科医生，想要做的就尽自己所能去保护每一个病患。为了安慰小章洁，付小舟和夏馥特地准备了纸画海底世界，还有荣誉船员的小勋章鼓励小章洁在方舱中保护大家，于是小章洁变得特别有责任心，在方舱中照顾帮忙。
章父清楚自己的情况，交代妻子如果不能和妻女一起回家，那要继续瞒着小章洁给她一个快乐的回忆。可是章父的情况突然变得更加危急，被转移到其他医院进行治疗，众人安慰小章洁，可是小章洁知道真相，她知道大船是医院，爸爸不是下船而是真的生病了，看见孩子伤心的脸，付小舟告诉小章洁这里是医院但也是给人希望带着人奔向光明的大船，只要有哥哥在就会保护好每一个人，让大家都平安回家，而小章洁也应该带着爸爸的爱和期望继续坚强，小章洁很懂事，每天都乖乖在方舱中等着爸爸回来。武清因为饭菜问题又在无理取闹，夏馥是上海来武汉支援的医务人员，无法与武清用武汉话沟通，花悦音只好出面调解，可是武清又闹着要出院，但是出不出院只能由核酸检测说的算。
人人都说花悦音态度差，她自己也知道，可是方舱是战场，她只想用自己的方法打赢这场战役，除了工作压力还有母亲的逼婚，花悦音疲惫不堪。方舱换班，花悦音和夏馥在车上交流工作经验，花悦音承诺只要夏馥做好本职工作，其他的事情都会为夏馥撑腰。对夏馥的考验即刻就来了，武清发现盥洗室全是污水很容易滑倒，态度傲慢地指挥着夏馥去打扫，而花悦音不仅没为夏馥说话也令其去打扫，夏馥有些委屈但也明白盥洗室的隐患，来这就是为人民服务的，夏馥还是认认真真地擦拭盥洗室。处理完一事又来一事，陈允闹着要看有深度的小说著作，花悦音只能帮着去申请。还有病人李雪认为自己不受重视，心理作用老觉得自己有病，花悦音也不惯着直接怼到他无话可说。
小章洁担心爸爸的情况可无人对她说实话，小章洁只好去问花悦音，李雪也注意到惹人怜爱的小章洁，帮着花悦音一起安慰小章洁，小章洁很懂事听完劝说便和妈妈一起等着爸爸回来。李雪见花悦音一直紧绷着自己的情绪便出言逗笑，花悦音本来严肃的表情终于转换了。武清到了核酸检测的日子，本来信心满满地认为自己痊愈了可以回家，可是结果事与愿违，武清一时接受不了便闹着要讨个说法，夏馥还是个小年轻面对这样的情况心理很难承受，好在花悦音在旁处理安慰。夏馥调整好心态回头想武清其实也是个好人，只是新冠实在令人焦虑，在这个装满千人的方舱医院，也装载着千个不同的故事，但是方舱是大船，每个人都风雨同舟驶向春暖花开。
