郑成功包围了南京城，正要攻城之时，却发现城墙上捆绑着柳圆圆。守城的清将也乞求郑成功，说清廷的规矩，过三十日城失，则罪不及妻儿，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降！
郑成功答应了清将的请求，黄梧却说不应该顾忌一个女人的生死。郑成功说你背上不是写着一为大明，二为圆圆嘛。黄梧说国姓爷应该看清楚是大明在前圆圆在后。
明孝陵，郑成功举起一杯酒缓缓洒在地上，祭奠先王。这天，他又看见了天上的彩云。
马信问郑成功，南京城的防卫几乎崩溃，此时不攻城更待何时？"郑成功说天下皆知我国姓军是仁义之师，既然已经做了承诺，我们就要遵守。我对南京有抹不去的深情，不能再让无辜的百姓惨遭灭顶之灾。
台湾阿里山山洞里，郭怀一和凯茵带着残余的起义部队躲在山洞里。何斌赶来告诉大家，国姓爷已经挥师北伐，现在已将南京城团团围住，不日就会攻克南京，接下来就要挥师东向，收复台湾。何斌说已经把鹿耳门的平面图交给了国姓爷，最近再好好测量一下鹿耳门的潮位，确保万无一失。
南京城外，黄梧已经失去了耐心，他拔箭弯弓射向柳圆圆，柳圆圆中箭从城头跌落。郑成功见状，愤怒地拔剑直指黄梧。
忽然间，呐喊一片，李率泰率援兵赶到，南京城的清兵也杀了出来，郑军将士促不及防，损失惨重。陈永华率丐帮弟子赶到，掩护郑成功撤上战船。
马信孤身一人闯到城墙下，他杀退清兵救出了柳圆圆。
郑成功的战舰向南撤退，将士们不少挂彩，柳圆圆也昏迷不醒，郑成功狂呼：天道在哪儿？！众将见此情景，黯然泪下。
(字幕：3年以后)
沈佺期隐居处，他告诉郑成功不必太计较一次战斗的得失，只要坚持弘复天道，就会有结果的，但一定不要优柔寡断，儿女情长就难免英雄气短呀。
郑家军处于低潮，军心浮动，连郑泰都怀疑国姓爷可能会就此垮了，他暗中让人另开商号，为自己留条后路。
郑芝魁仿佛有看到了希望，他说天天为了一点粮草和清兵打拉锯战，长久下去，郑成功肯定是消耗不起，黄梧建议他及早做打算。
柳圆圆的伤势已经痊愈，她拒绝的马信的挽留，说要到国姓爷府上陪董姐姐。
董夫人上山劝郑成功说，你能挺住，郑家军就垮不了。
议事厅内，众将领吵成一团，谁也不明白郑家军该往何处去。陈永华说服众将士的支持和理解郑成功。
陈永华劝郑成功尽快收复台湾，驱逐荷夷。郑成功说眼前必须先消灭来犯的清兵。
鹿耳门港道口，何斌和凯茵戴着斗笠，佯装正在垂钓，他们骗过了揆一也测量了水道的潮汐变化。
马得功前往台湾，希望能支持一部分火炮来对付共同的敌人郑成功，揆一这次摆起了架子，他说目前还没有共同的敌人，郑成功只要和我们进行合理的贸易就不是我们的敌人，至于火炮只要你出得起钱，就卖。马得功告诉揆一他身边有郑成功的奸细。
阿让了解了到何斌受郑成功的委托，暗中向商船征收捐税并鼓动山民囤积粮食，迎接国姓军。揆一大怒，下令逮捕何斌。在阿甘的掩护下，何斌逃脱追捕，躲到了山洞里。
