这天早晨，天色似乎异常寒冷，报纸的头条新闻是太平洋战争爆发。在火车站，理查森院长正在送夫人和孩子上车，理查森夫人带着的那只厚重的大皮箱格外引人注目。北方的野外，门罗中士的卡车残骸歪斜在路边。也是北方，一个山坳里的火车小站，那辆从北平发出的美国军列，正在接受日本军人的搜查。北平，协和医学院被占领。楼里所有的人被日本人拘禁在理查森的小楼里，包括章广生和安妮。伊藤试图从威廉姆斯那里打探到有关化石的下落，但结果却令他茫然。
魏道培带领肖楠楠离开北平，章淑亚决定留下来等着哥哥回来。关于化石的真正去向，日本人从拘禁的人那里最终一无所获。章广生和安妮暂时被放了出来。由于章牧之对化石曾经采取的卑劣手段，章广生兄妹二人再也无法原谅父亲，最终离开了家庭。抢夺化石计划的失败，使得伊藤极度沮丧失望，在一次酒后开枪打死了刘文杰。
1996年的北京，一个阳光灿烂的日子。北京郊外的龙骨山，年迈的魏道培和章广生默默回忆着所经历的遥远往事。这个日本人所带来的消息，又是一场空欢喜。但随着对往事的绵长记忆，他们对“北京人”那份特殊的爱却超越时空的阻隔，显得更加强烈且执着。