左宗棠在弥留之际，念念不忘台湾建省，但还是未能等到皇帝亲允建立台湾省的好消息就殉职于福州任上。朝廷得此消息，纷纷悼念左宗棠，并在京都设立专祠祭奠，醇亲王代天子致祭。
西太后一面应允建立海军衙门，一面提出修建园林供她养老。醇亲王无银子，只好求助李鸿章。建立完善的海军需要花费大量银两，而修建园林更是花钱如流水，李鸿章为此也一筹莫展，此时孙毓汶提议设立“海防捐”，借此敛财，以解办海军和修园林之难。
光绪十一年九月初五，清廷终于下旨台湾改为行省，命刘铭传为首任巡抚。于第二日，设立总理海军事务衙门，醇亲王为总办大臣，李鸿章为会办大臣。1885年10月12日，台湾府终于改为台湾省。
李鸿章让刘铭传出任海军会办，刘多次婉拒。李鸿章打算上折请奏，孙毓汶则自告奋勇，认为有能力让刘铭传回心转意。