收到日本的割地赔款方案，光绪皇帝命李鸿章赔款限一万万两之内，辽东只能割鸭绿江一侧；台湾只能割澎湖列岛。中日双方的谈判陷入僵局，伊藤博文提出最后通牒，限三日内签约，否则进攻山海关，李鸿章一边向北京请旨一边暗通法、德、俄等国家，希望他们出面斡旋。王文韶接任北洋竟查出北洋库里尚存余银八百多万两.光绪皇帝得知后大怒。
伊藤博文对李鸿章 “只割澎湖不涉及台湾”的提议，不予采纳。养心殿内，众大臣群情激昂，认为兵费不可赔，辽东台湾不可让，纷纷要求迁都再战，而西太后则不肯迁都。
李鸿章跟伊藤博文就赔款的具体数额进行激烈的争论，伊藤博文寸步不让。最终李鸿章在最后的时限内终于签署了《马关条约》。刘铭传收到李鸿章的书信后，决定速回台湾。翁同和收到丘逢甲的血书，被台民乡绅誓死保卫台湾的精神深深打动。北京都察院门前台湾举子汪春源与天下十八省举子联名保台。全国十八省的举子也纷纷联名罢考，要求皇上拒约再战。