2010年Zoe正庆祝自己毕业Eureka居民们也享受着快乐生活Henry已经娶了心爱女科学家Kim为妻；Carter和Allison也幸福地走到了一起Allison已经怀上了Carter孩子突然Fargo冲进来打断了毕业仪式把Carter和Allison带回Global Dynamics一起解决一个可怕神秘事件：高度机密第五区一个女人尸体嵌墙里被奇怪强辐射烧得面目全非
作为Global Dynamics现任主管Henry宣布尸体DNA已经被辐射严重毁坏无法辨识身份而奇怪辐射就来自Stark那块神秘人造物Stark几年前已经被解雇了那个东西现被安全地保存第五区
Kim想通过DNA重建方式来辨别尸体身份而Allison和Carter则返回了女儿毕业庆典令人感到惊奇Carter那辆本该成为古董2007年老吉普车突然出现大街上险些酿成车祸因为尸体似乎也来自另一个时空Fargo认为唯一解释就：Eureka正经历时空异常现象罪魁祸首就Global Dynamics已经封存多年那台粒子加速器这台可以操纵时间机器从诞生之日起就带来了巨大灾难（参见第一集）
调查中Carter发现Eureka目前只有一个人既有操作机器许可又熟悉相关量子学理论知识那就Henry此时Kim发现了更加令人胆寒事实：那具尸体就自己Kim、Carter、Allison前去质问HenryHenry痛苦地承认了一切说2006年10月Kim帮助Stark从神秘物件中提取核心样本时死于核辐射极度悲伤Henry想方设法取代Stark成为了Global Dynamics主管并获得了操作粒子加速器许可于利用这个机器回到Kim死亡那一天挽救了生命也因此而制造了第二条时间线－－Eureka顺着这条时间线度过了四年但原始时间线仍然没有消亡两条时间线处于竞争状态时空异常现象只会越来越严重最终将撕裂整个时空间
Henry希望Carter冒险回到过去纠正一切但如果Carter成功抹掉了第二条时间线－－也就说将时间调整回2006年和Allison建起这个家将不复存而Kim死将再次令Henry陷入无法自拔痛苦时空异常现象变得越来越具破坏性了Carter、Henry、Kim和Allison必须短暂个人幸福和拯救世界之间作出最终抉择