嘉靖皇帝见到吴时来的本章，将信将疑，他召见徐阶和严嵩，将本章掷给他们看。徐阶只表示惊讶，不置可否。严嵩假意辞职，但哭着要求为皇上写完最后一道青词再走。皇帝因此而大怒，将吴时来逮下诏狱。回到后宫，皇帝再拿出奏表来看，越看越觉得有理，不禁为之叹息。
贵妃正是严嵩的侄女，她很快将这一情况通报出宫。严蒿大惊，与同党赵文华、鄢懋卿等密商，假诏处死吴时来，并查寻同党，斩草除根。因吴御史事先已将来往书信全部烧毁，故海瑞侥幸得免。
消息传到江南，海瑞很为吴时来痛惜。但另一条消息更引起他的注意：因江南倭寇作乱，皇帝批准严嵩的保奏，令赵文华提督江南，并以鄢懋为钦差，巡察各地盐政，筹措军费。叶江东等僚属都认为：这将对海大人不利！海瑞却认为只要自己行得正，不怕别人抓把柄，其奈我何？