海瑞等来的，不是朝廷的任命书，而是张居正用那龙飞凤舞的草字给他的一封客客气气的回信。张居正表示，新政正在推行之中，他很忙，但还是浏览了海瑞的文集，他很佩服海瑞的至忠至孝，一直惭愧自己没有魄力起用象海瑞这样的能臣.但他会把海瑞等人的理想逐步加以实现的。实际上，他等于是拒绝了海瑞。极度失望的海瑞面对茫茫大海，遥望京城，不知当笑还是当哭。
十五年后，随着权倾一时的张居正病故，一个消息使朝野震动了：万历皇帝重新起用已经七十二岁的海瑞，而且他已经到了南京，将出任都御史的职务。
海瑞真的又回来了！他旧日的学生和属僚、归隐多年的叶江东特地赶来看望老师。海瑞愤愤地向他谈起官场风气的腐败和官员们的腐化，叶江东惊谔的是：这些使海瑞感到不可容忍的事，在今日官场其实早已司空见惯。叶江东陪海瑞便服出游，他们听到百姓在纷纷传说海瑞的重新出山，把一切希望全寄托在海瑞身上。在陪海瑞赴某御史的家宴时，人家为欢迎他，特地召来戏班助兴，海瑞却大发脾气，说人家违背了太祖皇帝的遗训，应该打板子。闹得大家都不高兴，叶江东只好将海瑞连拉带劝地弄走。
海瑞不听叶江东的劝告，给皇帝上了一道言词激烈的奏章，要求以严厉的手段惩治腐败，凡贪污八十贯以上者，都应该处以剥皮塞草的极刑！同时，他开始着手进行调查，受理百姓的上告。这使得满朝官员大为恐慌。如果按海瑞的办法，朝堂上还有可以立足的人吗？
皇帝制止了百官对海瑞的交相攻击，充分肯定海瑞节操可嘉，驳回了御史们要求海瑞离职的请求，但同时给了海瑞“迂戆”的评价，同意他“当局任事，恐非所长”，实际上否决了海瑞的意见。
海瑞完全失望了。他一再请求辞职，皇帝都不批准，因为他不想担一个昏君的恶名。海瑞被冷冻起来，完全不起任何作用什么事也不让他管，什么人也不同他来往，就在这种处境下，这个孤独的老人悄悄死于南京任上。
戴凤翔奉命办理海瑞的事，他来到海瑞的官署，见到了叶江东，也看到自已的老师、这位朝廷正二品大员的清贫：破藤箱里只有十两银子，连办后事都不够！他为之下泪，发起为海公募捐。连许多在海瑞生前攻击过他的人也返过来赞扬他的品格，皇帝也为他加封太子太保——因为反正现在他对任何人都不构成威胁了。
海瑞的灵枢按他的遗嘱，用船运回海南。扶枢的叶江东在舱中听到隆隆的响声，象打雷一样，他走出舱，发现两岸象突然下了一场大雪，一片白，原来是百姓们自发披麻戴孝，祭送海公，那雷声就是哭声。他含着泪，喃喃地呼唤着：老师，您看见了吗？您听见了吗？
以海瑞为衬景，出字幕：
“海瑞死后二百七十八年，因《海瑞罢官》一剧，幕被平，骨殖被毁。又十年，墓重修，永久供人凭吊。”