所有事情的起因还要从2004年，孙晨被捕后说起。原本李澜和杜朝阳计划产品销售后，化工厂就申请破产，逃避责任。可偏偏付吉亮接到一通威胁电话，打电话的是一家科技公司，他们对化工厂里的事一清二楚。因为孙晨掌握着某种分子式，该公司又急需孙晨协助研发药物。故而威胁李澜三人，还孙晨清白。
无奈之下，杜朝阳出面，对警方谎称是他经厂长的手，把钱借给孙晨，偷窃保险柜只是误会。孙晨出狱后立刻被科技公司接走，该公司总裁也信守承诺，从国外进口药物为孙晓萌稳定病情，并把孙晓萌送去福利院照顾。
之后的一年里，孙晨都软禁在秘密试验室，没日没夜的工作，只盼着早日研发成功，早日接女儿回家。只是他研究的药品并非公司所要求的，而是用于治疗孙晓萌的特殊药物。当药物研发成功，孙晨就与女儿约好一起离开绿藤市。到了约定日期，孙晨利用化学知识，炸毁试验室，制造混乱出逃。
孙晓萌满怀希望，等着父亲来接自己。可偏偏孙晨开车驶过路口时，因后面有科技公司打手追赶，方向控制不稳撞翻了垃圾桶。张海峰上班路上恰好撞见，立刻加大油门追了上去。快到火车道口时，后方车辆撞击孙晨的后轮。孙晨车辆失控，被火车撞飞，张海峰下车想救人，却已为时太晚。孙晓萌远远的看到了这一幕，在她幼小的心灵里，认定是张海峰害死父亲。仇恨的种子，从此埋在了心底。
一场误会，让孙晓萌产生了错误的念头。为了不让孙晓萌双手沾染鲜血，赵彬彬做了所有脏活。最后，他投身江水之中，清洗身上的罪孽。为了让孙晓萌忘却仇恨，刘雨奇舍弃了生命。
而所有的所有，不论张海峰的家庭惨剧，还是孙晓萌为父报仇，都只是刘雨奇进行的一项记忆疗伤实验。每当记忆陷入危机时，所有记忆就会重置，在新的人生中寻找解决困苦的方法。得知一切真相后，作为第一批志愿者，张海峰中止了实验。他要回到2004年的现实中去，在一次次人生抉择中，选择最正确的那一项。
(全剧终)
