仵作的随身箱篓意外失窃，如寒夜惊雷，令厅堂内外暗潮涌动。箱子失而复得，却原封未动地静卧在衙门门口。仿佛世间种种悬疑，终将指向那一丝无法逃离的轮回。秦菀轻启箱盖，药膏的馥郁气息旋即弥漫开来，她敏锐地察觉出这药膏来历不凡，原来只有京城才可寻觅。药香仿佛无形线索，牵引着她步步前行，探寻迷雾背后的真相。
与此同时，白枫带来惊人的消息。魏家嫡长子魏綦之，外界传闻他仅是因意外而伤，却不料实则是被父亲亲手打断了双腿，囚禁于家中幽室。更为诡异的是，第二日魏綦之竟神秘消失，如惊鸿掠影，不见踪迹。这一发现令秦菀心头一紧，她忽想起那夜伤她之人的脚步间有着隐藏的困窘与不便。为此，燕迟决定亲自前去魏府，问信魏言之，可否探知弟兄间更多隐秘往事。
魏言之的随从在暗室低语，终于吐露实情。他坦承魏綦之正是宋柔的恋人。魏家门户单薄，宋柔母亲本意撮合魏宋两家，岂奈宋家权势鼎盛，怎容儿女私情拖累门第尊荣。魏言之因此为兄长遮掩真相，受连累禁足于偏院。事关重大，却真伪未明，亟需亲身查证。更重要的是，宋柔的首级与那最终将她置于死地的凶器，至今尚未寻到。
秦菀心细如发，剖析宋柔遗体时，于其胃中发现未曾消化的纸屑。自幼锦衣玉食的宋柔缘何咽纸自困？背后必有难言之苦。谜团重重，秦菀希望能亲往询查魏言之，却见他回到院中便病倒床榻，不得不暂为其诊治，设法从细微之处窥探真情。
正当一切线索交错难辨时，魏綦之身影再度出现在仵作的箱子旁，彼时燕迟早已布下天罗地网，将其擒获。魏言之方面，秦菀对他的病症细致查勘，不仅研读药方，更于日常起居中观察细节。发现魏言之虽卧病榻上，却偏爱开窗烧碳，其行径非寻常病人所为，中必有异。她悄然叮嘱，在院中灶灰中细细搜寻，若有蛛丝马迹，不容错漏。
未及细查，却得新报：魏綦之已被捉拿归案。秦菀随燕迟紧急赶往，唯恐稍有耽搁真相湮没。然而留下岳凝看守灶灰，以防遗失重要证据。霍知府采取强硬手段，企图撬开魏綦之的嘴巴，然魏綦之一贯刚烈，死不认罪。关键时刻，其贴身亲信却愤然闯入高声喊冤，真情流露：魏綦之实未杀宋柔，他忧其风言风语败露，才会匆匆赶来。更重要的是，魏言之也擅以左手书写，疑云再添新层。
渐渐地，被遮掩的过往拼合成更为复杂的画卷。原来魏綦之之所以被宋国公痛下杀手断其双腿，乃因他甘作宋柔私情的替罪羊。宋柔曾泪眼婆娑来寻魏綦之，含混告知已有了他人私情，却又羞于道明那人身份，为保自己清誉，逼魏綦之应下“私情”之谎。魏綦之为护宋柔声名，不惜坦然面对严父雷霆，只是阴差阳错，他原本所救之人却无端横死，噩耗如刀，切肤刺骨。
另一方面，魏綦之一身怪症，凡亲触漆器，便引发旧病复作。秦菀凭缜密检验，终排除其为行凶者的可能。案情道阻且长，而幕后之人浮浮沉沉，真凶不肯轻易现身。魏言之眼见大势不妙，试图潜逃，却终被燕迟设伏亲手擒获，真相一步步靠近。
一切线索归于一处。秦菀在那堆灶灰中找到了关键证据，小心翼翼地将宋柔的头骨拼合复原。从斑驳的伤痕上能够辨识——杀人之刃，正是魏言之的长剑。至此铁证如山，再无反口。魏言之罪状败露，竟涕泪横流，将一切归咎于宋柔。他冷然声称，是宋柔执意求与自己共度余生，苦苦哀求私奔。然而，他念念不忘锦绣前程，怎会为儿女私情甘愿躲避煮雪煎茶、隐姓埋名度此余生？在与宋柔缠绵之后，便举剑无情，将深爱自己的女子推向死地。
想来尘缘如梦，最难是人心。秦菀心怀怒意，为宋柔鸣不平。曾经的繁华与宠爱，因对魏言之一腔深情而尽付东流，换来的却是手刃最爱之人的冰冷结局。案情终于水落石出，仵作悄然为宋柔尸身修复残缺。她相信，死者自有千言万语寄托于生前遗骸，这场默然的修复，亦是还予她最后的尊严与从容。
魏綦之在幽深牢房探望魏言之，兄弟对视，横亘间已是天人相隔。魏言之顽固不悔，不思自省。魏綦之尽心劝慰，胸中却坦然无愧。曾为宋柔扛下所有诋毁，如今真相揭晓，他已无遗憾。宋柔的遗体最终葬于荆州异地。魏綦之坚持带她安眠于斯，因为宋父为保家族声誉，断不愿让女儿归入祖坟，尘埃落定，宋柔却再无归途。
案结尘定后，燕迟终于下决心。秦菀之于屡屡命案中思虑周详，查案睿智，乃是助他追查晋王旧案最忠实的臂膀。于是他写信入京，再不用入兵部，而让其转入刑部，肩扛家国正义，踏上新的征途。不负此生所学，不辜负死者嘱托，亦不负内心对真相穷追不舍的执念。纷纷世事如烟，人心仍如微光，在这风雨如晦的迷案之后，微光终究照亮了真相。
