时光倒转，宫墙之内，权谋与亲情交织成一张密不透风的巨网。在层层无形的压制下，一段尘封的往事悄然浮现。钱氏轻声诉说着那些不为人知的过往——太后昔日身为贵妃，虽得先帝宠爱，却屡屡被皇后明枪暗箭所困，无力自保。命运弄人，太后诞下双生子，为护幼子平安，忍痛割舍，将其中一个婴孩秘密送出皇宫，只留下世人皆知的那名皇子。幼小的婴儿被太后赐名“严涵”，带着母亲无可言说的爱与忧愁，开始了流离失所的人生。
太后一纸密令：严涵自此需永生不可知晓身世真相，唯恐因世事无常而母子撞入杀机之局。骨肉分离、生死未卜，太后为幼子取好名姓，只冀命途颠簸中，儿子能多活几日便好。爱子心切下，她将唯一的念想托付给钱氏，钱氏便以远房亲戚的身份，将严涵抚养照料。宫外风雨飘摇，幼子早被太医断言活不过幼年，然命定不凡的严涵却奇迹般顽强生存。宫中传来旧人将被立为太子的消息，太后为保秘密，急令钱氏携严涵远遁江湖。
可是天随人愿未必，严涵终究在无意之中窥得自己的身世。巨大的真相如潮水般席卷他的心，昔日的亲情在一夜之间化作滔天恨意。愤怒与悲怆驱使着他离家参军，他要远离燕氏皇族，甚至在圣上狩猎外出的机会中亲手夺取了他的性命，假冒圣上的身份，自此登临帝位。从一名被抛弃的孤儿到手握天下的皇帝，命运在严涵身上一再变奏。
数年之后，钱氏从朝中得闻一则惊天消息：新帝亲自处决了傅成业。那一刻，她明白，太后曾惧怕的梦魇终化为现实，波诡云谲之下，母子天命尽现。阴影在宫廷上空回旋不散，盘根错节。秦菀与燕迟听罢心神激荡，终于解答了圣上笔迹前后反常的谜题：原来一切皆因身世之谜而起。圣上事后亦曾派人追杀钱氏，钱氏走投无路，只能向皇后求庇护。皇后虽察觉异状，亦自感无奈。太后心中明镜，却已无法挽回命运逆转：两个都是亲骨血，一个已离人世，无论如何也是痛彻心扉的悔恨。
燕离的真正身世亦渐渐浮出水面——他本是严涵的亲生骨肉，难怪他会无情斩杀太子、成王，只为为燕离铺设即将到来的康庄大道。燕迟与秦菀相信燕离本性善良无辜，他们悲悯地看着太后，认为她才是世间最可怜的一人。长期的隐忍忍受早已耗尽她的身心，病痛难愈。燕离与燕绥，同样流淌着圣上的血脉，这场秘密一旦揭开，他们能否安然坐拥皇位便成谜，反倒成全了尚未染指大权的燕迟。只是燕迟对此权谋之路淡然处之，心无所系。
时至今日，燕泽的眼疾痊愈。秦菀入宫探望之际，太后与燕泽正沉浸于一盘棋局之中。燕泽招来了燕离，声称久病初愈、唯愿一睹其真容，感慨之间，不禁比拟燕离于圣上无异。燕离怀抱燕绥，兄弟之情跃然于眼前。太后一时失神，秦菀敏锐地察觉到了弦外之音。燕离带着燕绥，与岳凝嬉戏玩乐，宫廷之内仿佛流光溢彩，然而暗流涌动。秦菀借机探询，燕泽却催促她们尽快查明母妃之死。显然他早已知晓严涵的真实身份。
风暴愈演愈烈，赵国舅暗中策划，要操控宫门侍卫，皇后似乎也将有所行动。秦菀联想往事，推测信王妃在为皇帝疗伤时意外发现其独特黑色胎记，皇帝由此生杀机。巧合之下，睿王妃生产之时，信王妃前往探视，从而引来杀身之祸。瑾妃与晋王，同遭无妄之灾，被新帝残忍灭口。晋王为社稷安宁，情愿为新帝粉饰太平，并将真相托付于沈毅。沈毅又为家国大义而藏匿凶器，终究未能逃脱杀身之祸。
于是沈毅苦口劝诫秦菀：但凡严涵仍掌天下权柄，众多冤情便无处申诉昭雪。如今这破局重担，唯赖燕迟与秦菀携手共担。京城风雨欲来，宫中守卫刚刚异动，燕泽趁机潜入宫内。有人查得李牧云与天道社甚有牵连，甚至与宁不易有过交易，而神秘出现的瞽目少年极有可能便是燕泽。这层层迷雾背后燕泽究竟隐忍多年，图谋何事，无人知晓。
随之而来的腥风血雨即刻爆发，京城深处动荡难安。秦菀与燕迟义无反顾携手闯入皇宫，无惧生死、誓约相依。与此同时，燕离与燕绥前来觐见圣上，不料步入大殿时，几近所有随侍皆已昏厥在地。燕离本欲及时抽身带着燕绥离开，蓦然发现宫门落锁，逃生无门。一切变故铺天盖地，似乎早有谋划。
彼时秦菀以太后旧疾复发的名义入宫，刚至宫门口便遭侍卫暗杀伏击，燕迟趁乱入内，护卫宫人。此夜宫中气氛剑拔弩张，有宫变之象。燕迟嘱咐白枫速去保护太后与燕绥，秦菀赠予燕迟救命膏药，二人匆匆分别，各自奔赴风暴中心。秦菀急匆匆去找岳凝，下令封锁宫门，谢绝出入。毫无防备的岳凝一脸茫然，根本不晓风暴将至。
与此同时，圣上苏醒，却骇然发现自己四肢被绳索紧紧束缚，贴身侍从原来竟是天道社的成员。更令他难以置信的是，天道社真正的主脑，竟正是他日夜仰赖的燕泽！燕泽摘下面具，袒露身份，圣上的世界轰然倾倒。命运的巨轮此刻开始狂转，下一个晨曦到来之前，一切冤屈、权谋、血脉纠葛都将在这宫廷之夜迎来一场终极审判。
