在一次危急的事件中，狄仁杰身处万劫不复的境地，此时，马荣突然出现斩断束缚其的皮绳，与乔泰齐力救下。惊险的一役后，狄仁杰带领众人返回其家族的府邸，发现马荣把府邸收拾得一尘不染。他向大家交付了一条严命，避免一切可能引起注意的行为。府邸的正殿内，一把名为雨龙剑的利器引起了乔泰的强烈兴趣，他欣然观察，感叹若自己于剑下亡命，愿其就在这一剑之下。
在雷暴的夜晚，狄仁杰在寻找线索的过程中开始怀疑：所有证据似乎都呈现得过于顺利，好像有人在背后暗中引导。不久后，在魏府内，他发现了魏无疾留下的朱批，以及酒壶中的一种叫做㷋石的物质，它能够自燃。所有线索令他想起了贺大荆的酒壶，是的，那个曾出现异常的酒壶，原来这一切都是被精心设计的。于是，他找到魏无疾，直言疑惑，他怀疑魏无疾就是黑暗中的操盘手。
魏无疾在那个时代就被男权的思想左右，他看不惯皇后对政事的关注，他坚信男女有序，上下有别是不变的真理。因此，他借贺大荆之手搞乱科举，不让酒壶带入考场，却心想贺大荆因为贪酒会误入他的局。其目标是构陷皇后，以贺大荆作为牺牲品也在情理之中。至于狄仁杰为何能活着平安，是因为在查案的过程中，他起到了一个至关重要的角色，那就是将嫌疑人定向长孙卿一派。
面对狄仁杰的质疑，魏无疾毫不羞愧，毫不退让地坚称皇后是国家的祸害。而魏无疾对狄仁杰的激进行为以及对改变的期盼深表痛触，他认为改变并非一门好事，相反，它可能会引发混乱，乃至皇权的交替与人民的苦难。最终，魏无疾在表明自己决不后悔之后，毅然投火焚身逝世。而在府邸另一边，众多黑衣人闯入，同洪亮、乔泰展开较量。狄仁杰及时返回，紧随黑衣人至山顶，却惊讶地发现他们的头目居然是假扮的康执宜。而那不远处的另一位更是让他惊异，正是大唐皇后。
当他醒来时，他得知自己昏睡了三天，而这三天长安城已经天地反转。康执宜在审判中供认自己是长孙卿的指使，他承认自己偷走了凤印，自己想要杀死雅馨，但得知有人比他更早地动手，便假扮为其，杀了四名假扮的羽林军士兵。长孙卿暂时在青龙寺内供奉三万贯香烛祈福。皇后决定亲自去对质，狄仁杰也随之而去。面对面的交锋中，皇后坚持自我，她看透真相，了解当时的时代背景，对长孙卿一派展开无情打击。
皇后向狄仁杰表白，有些事情并非命中注定，而在自己手中作主。只要他足够机智，干脆利落地看破真相，就能握住命中注定的景象。而长孙卿则明确表示对皇后的厌恶，他坚持认为，天理和人伦高于一切，如果不能让世人自己判断是非，那么就失去了公理的存在。由于长孙卿的坚守，皇后找到了时机，当火焰逐渐升温，青龙寺上方的大蜡烛崩塌，凤印也随之露出，让在场的所有人都吃惊不已。
皇后坚称，长孙卿及其党羽是腐败的贵族，他们对大唐的未来构成了巨大的威胁。他们是大唐真正的敌人。而事实也证明，长孙卿最终败给了这位女性皇后，她成为了万民仰望的母仪天下的皇后。未来的某一天，当人们提及狄仁杰的名字时，他们会说他曾是一位无四向无比锐利的人，他有过如狄仁杰般聪明的脑袋，看破了跌宕起伏的事实。
狄仁杰从皇后手中获得了殿试的机会，当皇后看到狄仁杰写下一篇对新的解读的文章时，她相信狄仁杰就是她要找的人才。尽管狄仁杰没有通过科举，他却得到了一份重要的职位，他成为了蓬莱县令，并任命洪亮为参军，马荣和乔泰为随从，共同进入新的职位。
