当日落下幕，长安城被夜色覆盖，雷声呼啸，雨雾如同铁笼禁锢城池。后宫似巨大的棋盘，充斥着棋子们的权谋阴谋。一场精心策划的阴谋让皇后成为了被操控的无辜棋子，愿望是打倒陈诸良并将其全家赶尽杀绝。毫无预警的灾难降临后，梧桐古树在天火中变成了灰烬，引发了众多的议论和揣测。
在这一年的科举中，皇后的新政策改变了科举本质，即任何人不论出身，都有权利参与科举。因此，驻扎在狄仁杰驿馆的人们都是怀揣着梦想的青年，充满了希望和热情。然而，对于眼前的科举，狄仁杰表现得毫不感兴趣，他的父亲的老部下洪亮就像热锅上的蚂蚁，无助并且焦急。他为了说服狄仁杰，去找了大学士魏无疾，希望他能帮忙说服狄仁杰走上仕途。
驿馆中突然出现了一队武侯，他们的目的是捉拿那些偷盗明珠的贼人。原本他们准备全部带回去审问，但狄仁杰的独特观察力察觉出了一些隐藏的线索。经过排查，他找出了两名嫌疑人，通过推理，最后确定了真正的贼人就是假冒的账房。事件解决后，驿馆的住客对狄仁杰的崇拜如滔滔江水。
同样在长安城的马荣则是借天火之事，引人围观，为自己赚点财路。乔泰则是设置一个赌局，结果连赢数局，赚钱赚得盆满钵满。人们看得出来他们的动机，因此他们的这些骗术也都被识破。因为被人追捕，狄仁杰的青年朋友贺大荆也陷入了困境。狄仁杰看到这一切，毫不犹豫地施救，他用几拳几脚打败了追捕他的人，甚至在混乱中救出了乔泰和马荣，然而这使得他们都被抓进了县衙大牢。
教授魏无疾赶来，帮助他们解决了狱卒的问题。同时也对狄仁杰进行了深入的劝说，希望他能参加科举。狄仁杰带着他的伙伴们返回驿馆，洪亮警告马荣和乔泰，他们在长安需要谨慎行事，不可以随便谈论宮中的事情。然而这两人并没有听到他的劝告，反而对狄仁杰的事情表现出了极大的好奇。
狄仁杰一直在思考是否需要去科举，洪亮则是以设棋子的方式来给他指明方向。而当他看到满盘白子时，他的内心被深深地触动。最终，他决定和大家一起去参加考试。待夜幕降落，科考结束，学子们忙着庆祝，享受那释然的喜悦和自由。贺大荆带着狄仁杰去了酒馆，但他们发现应是长孙太尉包了下来，任何人都不能踏足。可是贺大荆并未放弃，他与狄仁杰在那气氛沉闷的鞠水楼里尽情畅饮。
在酒盈醉意的瞬间，贺大荆向狄仁杰吐露了一个秘密，魏无疾在编写《姓氏录》，这将可能会改变整个社会的秩序，使得旧贵族的地位动摇。因此，他们明确的认识到，大唐的秩序即将发生巨大的变化。随着时间的推移，二人酒越喝越多，醉酒到最后，楼主趁机溜去暗室里告诉妹妹雅馨，让她躲好，不要让金吾卫发现她。狄仁杰因误打误撞发现了暗门，但很快就被晃神的楼主带离了楼内。
在雷雨交加的夜晚，鞠水楼的火灾让狄仁杰彻底清醒过来。他亲眼看着朋友贺大荆葬身火海，这使得他瞬间清醒，直面即将到来的未知。
鞠水楼，一个被皇后亲自赐名的音乐院，意外遭遇了一场毁天灭地的火灾。火势凶猛，那一晚，九命归天，只有名叫狄仁杰的男子得以幸存。可是，因为他是唯一的幸存者，嫌疑也自然的集中在了他身上。另一方面，洪亮注意到了狄仁杰在那个夜晚的失踪。为了寻找他，洪亮带着乔泰走上了街头，然而，他们却发现狄仁杰被官兵带至县衙受审。逼无他法，他们找到了魏无疾寻求救援。
明府对于鞠水楼的火灾，狠硬的要求狄仁杰承认此事为天灾，否则他就是此次火灾的始作俑者。然而，狄仁杰以自己对前因后果的分析，并不同意这是天灾，而是坚决主张这是人为的火灾。正当明府准备下令对狄仁杰实施惩罚时，魏无疾出面为其保驾。他告诉所有人，狄仁杰是左丞狄知逊的儿子。
消息出来，明府也无法无视狄仁杰的背景，以及魏公的地位和影响力，他瞬间软了下来。但是，他也担心狄仁杰会逃跑，躲避责任。魏无疾为了打消他的疑虑，提出给狄仁杰戴上玄铁脚镣。之后，明府同意了狄仁杰查案的请求，要求他每天更新案件的进展，必须在10天内找出真凶。
首日，狄仁杰带着他的伙伴们走向了停尸房。在那里，他们发现雅馨尸体是被烟熏死的，而非被火烧死。狄仁杰更是在雅馨的遗物中发现了宫中的钥匙和精美的香囊，并让乔泰和马荣查出购买香料的来源。在鞠水楼的火灾现场，狄仁杰找到了被烧毁的绳结，并推测出雅馨死者不是火灾而是密室。
随后的调查，乔泰得知香囊中的香料是皇后最钟爱的，狄仁杰基于这个线索确信雅馨是皇后身边的司宝宫女。事实也证明狄仁杰的猜测正中，皇后身边的将军康执宜确认了雅馨的身份，并命令深入调查。
当夜，消息传到了圣人耳中，场面一度变得非常紧张。因为所有发生的状况，使得人们不得不怀疑是皇后的失败导致的，皇权落入他人之手，勾结恶人，害死忠良。圣人对此疑虑重重，没有立即做出决定，而皇后在后宫静坐，保持寂静。
这样的事件，在长安城中引发了许多的流言蛮语，人们纷纷传言这是天怒降罚的结果。而狄仁杰以及他的伙伴们则坚信，这其中必有人故意构陷皇后，这个人极可能位居高位。而魏无疾则同意了狄仁杰的观点，暗示他们都不是这个城市真正的主人，稍有不慎就会导致自己遭受祸患。
面对重重困扰，狄仁杰选择独自喝酒发愁，脑海中浮现出他曾经的朋友的形象，内心充满痛苦和纠结。而马荣却是继续他的调查，却在这个过程中也带走了一些小东西，积攒了一整袋零食瓜果，这让乔泰感到哭笑不得。而在他们之间，还发生了另一起命案，四个人在一场火灾中丧生，再次引发了他们的猜测。
狄仁杰带着他的伙伴前往现场探查，推测出这四个人在火灾发生之前就已经死亡。之后，他在马荣的帮助下从火灾现场找到了令牌。然而，明府制止他继续详查，狄仁杰心明如镜，带着他的伙伴离开了。在回家的路上，他发现四匹马中有一匹与之前见过的很像，经过回思，他确定这四个死者正是御林军的人。
在一个平凡的日子里，狄仁杰与他的两位同伴采取了一项大胆的行动，他们决定变装成普通杂役，悄悄潜入重要的案牍库，目的是为了追溯那些在九天前离开京畿的人员，希望能从中找到某种线索。马荣因为文盲无法参与搜索，只能坐在一旁。好在乔泰的眼尖和机敏，很快就从堆积如山的簿子中找到了他们需要的记录，而所揭露出的信息正符合狄仁杰先前的猜测：四个死者均来自御林军，并且他们都是遭命假装传达皇旨，完成了对陈诸良的毒杀之后，自己也被灭口以封口。
狄仁杰三人并没有停下脚步，他们决定分散行动，到市场上寻找可能与案件有关的徽章线索。在一个西域商人那里，狄仁杰展示的徽章被一眼认出，原来这徽章曾是太宗皇帝下属的精锐玄甲军的标志，且曾属于叛将康怀恩的旧部。同时，乔泰也未闲着，在无意间发现了马荣不小心从案牍库带回的一份与康执宜相关的文件，令人震惊的是，康怀恩竟然是康执宜的父亲。
了解到这一连串关系，狄仁杰如同拨开云雾见日，迅速找到魏无疾报告他的发现，表明郊外蚕舍和鞠水楼的连环案件都指向了康执宜。康怀恩当年因为叛变投敌受到了必须牵连九族的重罪，但在长孙卿的保护下，康执宜才得以重新回到长安，并最终成为了皇后的侍卫。结合诸多线索，狄仁杰怀疑康执宜盗取凤印、伪造诏书、指挥羽林军行事，并纵火谋害持有凤印的宫女。
然而，当狄仁杰准备将此事上报至高层时，魏无疾却表现出了极大的担忧，指出狄仁杰的推断虽然合情合理，但缺乏直接证据，难以成立。更为复杂的是，长孙卿已经动用了自己的影响力，联合数位高官上书，主张废除现任皇后，这使得狄仁杰的处境变得极为困难。长孙卿作为一个权势滔天的人物，几乎无人敢于直接反抗，他对于大唐朝廷的影响深远而根深蒂固。
知悉自己与长孙卿之间的较量日渐危险，狄仁杰陷入了沉思。他脑海中不断回放着童年的记忆，以及阿爷壮烈跳江的一幕，感慨朝政的复杂远超他的想象。狄仁杰决定与马荣和乔泰共饮，尽管话语间流露出了迷茫和困惑，却依然未能找到摆脱困境的办法。与此同时，马荣和乔泰也感觉到其中的重压，尽管对策未明，但他们还是鼓励狄仁杰遵从内心，为了真相不惜一切。
转折发生在第六日，孙卿为了向皇后施压，不仅祭祀了国柏，还公然扛着国柏游行，请罪于民，公开宣称是皇后引起了神灵的愤怒。正当长孙卿得意之时，狄仁杰却出人意料地站出来，预言接下来天火将再次降临。他用一番话激起了众人的哗然，这不仅是向长孙卿和康执宜挑战，更是背水一战的勇气展示。魏无疾对于狄仁杰的举动虽然感到惊讶，但仍旧选择静观其变。
正当计划似乎在朝着有利的方向发展时，狄仁杰等人的行动突遭不测，原本应该快速离开的马匹突然失控，原来是他们的马镫遭人暗中破坏，这一切的背后暗流涌动，危机四伏。狄仁杰突然间感受到了前所未有的压力，但他知道，只有勇往直前，才能揭露真相，保护正义。
在一次危急的事件中，狄仁杰身处万劫不复的境地，此时，马荣突然出现斩断束缚其的皮绳，与乔泰齐力救下。惊险的一役后，狄仁杰带领众人返回其家族的府邸，发现马荣把府邸收拾得一尘不染。他向大家交付了一条严命，避免一切可能引起注意的行为。府邸的正殿内，一把名为雨龙剑的利器引起了乔泰的强烈兴趣，他欣然观察，感叹若自己于剑下亡命，愿其就在这一剑之下。
在雷暴的夜晚，狄仁杰在寻找线索的过程中开始怀疑：所有证据似乎都呈现得过于顺利，好像有人在背后暗中引导。不久后，在魏府内，他发现了魏无疾留下的朱批，以及酒壶中的一种叫做㷋石的物质，它能够自燃。所有线索令他想起了贺大荆的酒壶，是的，那个曾出现异常的酒壶，原来这一切都是被精心设计的。于是，他找到魏无疾，直言疑惑，他怀疑魏无疾就是黑暗中的操盘手。
魏无疾在那个时代就被男权的思想左右，他看不惯皇后对政事的关注，他坚信男女有序，上下有别是不变的真理。因此，他借贺大荆之手搞乱科举，不让酒壶带入考场，却心想贺大荆因为贪酒会误入他的局。其目标是构陷皇后，以贺大荆作为牺牲品也在情理之中。至于狄仁杰为何能活着平安，是因为在查案的过程中，他起到了一个至关重要的角色，那就是将嫌疑人定向长孙卿一派。
面对狄仁杰的质疑，魏无疾毫不羞愧，毫不退让地坚称皇后是国家的祸害。而魏无疾对狄仁杰的激进行为以及对改变的期盼深表痛触，他认为改变并非一门好事，相反，它可能会引发混乱，乃至皇权的交替与人民的苦难。最终，魏无疾在表明自己决不后悔之后，毅然投火焚身逝世。而在府邸另一边，众多黑衣人闯入，同洪亮、乔泰展开较量。狄仁杰及时返回，紧随黑衣人至山顶，却惊讶地发现他们的头目居然是假扮的康执宜。而那不远处的另一位更是让他惊异，正是大唐皇后。
当他醒来时，他得知自己昏睡了三天，而这三天长安城已经天地反转。康执宜在审判中供认自己是长孙卿的指使，他承认自己偷走了凤印，自己想要杀死雅馨，但得知有人比他更早地动手，便假扮为其，杀了四名假扮的羽林军士兵。长孙卿暂时在青龙寺内供奉三万贯香烛祈福。皇后决定亲自去对质，狄仁杰也随之而去。面对面的交锋中，皇后坚持自我，她看透真相，了解当时的时代背景，对长孙卿一派展开无情打击。
皇后向狄仁杰表白，有些事情并非命中注定，而在自己手中作主。只要他足够机智，干脆利落地看破真相，就能握住命中注定的景象。而长孙卿则明确表示对皇后的厌恶，他坚持认为，天理和人伦高于一切，如果不能让世人自己判断是非，那么就失去了公理的存在。由于长孙卿的坚守，皇后找到了时机，当火焰逐渐升温，青龙寺上方的大蜡烛崩塌，凤印也随之露出，让在场的所有人都吃惊不已。
皇后坚称，长孙卿及其党羽是腐败的贵族，他们对大唐的未来构成了巨大的威胁。他们是大唐真正的敌人。而事实也证明，长孙卿最终败给了这位女性皇后，她成为了万民仰望的母仪天下的皇后。未来的某一天，当人们提及狄仁杰的名字时，他们会说他曾是一位无四向无比锐利的人，他有过如狄仁杰般聪明的脑袋，看破了跌宕起伏的事实。
狄仁杰从皇后手中获得了殿试的机会，当皇后看到狄仁杰写下一篇对新的解读的文章时，她相信狄仁杰就是她要找的人才。尽管狄仁杰没有通过科举，他却得到了一份重要的职位，他成为了蓬莱县令，并任命洪亮为参军，马荣和乔泰为随从，共同进入新的职位。
狄仁杰，新任格蓬莱城主，踏足蓬莱之地的第一件事就是带着一具无名尸体走进闸口，尽管城门之下官兵森严，但一展身份，即得洞开。蓬莱一派平静，市井秩序井然，百姓安然地生活。与狄仁杰分享详情的老成洪亮表示，这份从容并非因前任县令的入狱而打乱，可见该县令治理熟练。
随行的马荣，对街上的女孩抹着白粉的面孔感到好奇，从商贩那里得知这是现在最流行的妆容。马荣思绪万千，同时，滕坎向新任蓬莱的主宰，狄仁杰，表示欢迎，甚至邀他参加举行的欢庆宴会。狄仁杰接受了，洪亮带着马荣和乔泰返回郡府，而他自己与滕坎共度盛宴。滕坎携妻子银莲一同出席，他们的亲密让人羡慕。宾客们为滕坎的诗作成功送上祝福，气氛友好。
歌唱家曹安进场时刻，她演唱的并州小调唤起了狄仁杰的遐想，一种似曾相识的感觉升上心头。在宴会进程的三轮酒令后，稍微微醺的狄仁杰离开。在离去前，他听见人们谈论四漆屏，然后向滕坎询问细节，滕坎冲他轻描淡写道，这只是家里的一点小事。然而，狄仁杰注意到了银莲的目光投向了远方，仿佛看见了鬼魅的影子，银莲的脸色也变得惊慌。狄仁杰把这个疑虑暂时放下。
狄仁杰与洪亮对无名男尸进行详细检查，发现其胸前和背后都有致命的刀伤，兇手似乎对死者怀有极深的仇恨。在此期间，马荣邀来画师给尸体画像，以便让全城的人识别。尽管死者曾被麻风病毁容，因此辨认身份需要一点时间。与此同时，曹安回忆起多年前蓬海帮的喽啰试图侮辱她，幸亏被黑焰所救，现在再次与狄仁杰相遇，使她的心情变得复杂。
次日的清晨，狄仁杰在查阅的县事记事卷宗中发现蓬莱县已经空缺了三个月的县令，但却没有一个百姓上街告状。狄仁杰对于这份异常宁静感到迷惑。在路过明月坊时，他再次听到并州小调，曹安正是那个唱曲的人。回到府里，狄仁杰向洪亮询问曹家的消息。洪亮回忆起曹鹤仙因私造钱币而被查封赵家，他们和狄仁杰的父亲没有交情。
马荣在市场上教育了一些恶棍，买来新靴子回来，还抹了一些白粉装饰一下。然而狄仁杰并没有理解他的好意，反而让他把偷来的钱袋归还。虽然马荣有些抱怨，但仍然把钱袋扔到了男子的宅院，以免狄仁杰招惹麻烦。此时，三个土匪试图绑架马荣，却失败了。马荣倒是想见见霸宗，于是主动被绑进山寨。
霸宗是匪首，但有着自己的规矩，禁止偷窃弱者。马荣警告霸宗要遵守法律，因为新的明府狄仁杰已经上任，保持秩序的责任必须尊重。霸宗一气之下，派人教训马荣。待在暗处的乔泰准备随时出手，但对方提出来比试喝酒，这正好是马荣的擅长。晚上，狄仁杰去找曹安，看试探她的真实身份。然而，曹安只为他弹奏了一曲琵琶。
接着，滕府发生了一起骇人听闻的谋杀案。滕坎似乎被邪祟附身，用长刀杀死了他心爱的妻子银莲。滕坎清醒后，头脑空白地游荡在街头，不断回忆那血腥的片段。最后，他走到县衙门前猛击鼓，恳求狄仁杰赐他一死。狄仁杰让人把他安置好，然后带着洪亮赶到事发现场。在角落里，他们发现了一处屏风的残迹
管家带狄仁杰和洪亮进偏厅，展示出那块屏风。管家坦言，当家主买下这块四漆屏时，上面画着一对恩爱的夫妻，但五天前，画面突然变成了男子用剑刺向女子的厉鬼。自那以后，四漆屏仿佛被鬼祟影响，屋子无法安静，且有丫鬟目睹了滕坎被鬼祟附身的恐怖画面。
狄仁杰在赴任蓬莱的路途中，意外地发现一个无名的男尸。受到这具尸体的引起的疑团驱动，他决定把尸体带进城内进行详细调查。途径城门时，他面临着严格的官兵检查，然而因为他出示了自己的身份证件，得以顺利进入城市。蓬莱尽管没有长安的喧嚣繁华，但有一种别样的静谧之美。市井井然有序，百姓安居乐业。
洪亮向狄仁杰介绍，前任县令因走私之事被锁进了监狱，但是百姓的生活秩序仍然井然无乱。马荣在街上看见有女子正在擦脂抹粉，觉得满是新鲜，好奇地向周围的商贩打听起来。此时，便有人向他解释，这是如今最流行的化妆方式。马荣顿时心生一计。
滕坎得知狄仁杰赴任蓬莱后，特使人前来迎接，并邀请他参加庆祝春节的宴会。狄仁杰对滕坎并不全然陌生，听说他的诗才横溢为京城瞩目，正值春节盛情难却，便让洪亮先带着马荣、乔泰回府，只身前去参加滕坎的宴会。
那天的宴会堂上，滕坎引见了他的夫人银莲。夫妻二人的恩爱举止引来诸位宾客的羡慕。每個宾客都纷纷恭贺滕坎的诗才，滕坎都逐一表示感谢，狄仁杰也端起酒杯对滕坎敬礼，宴会的气氛十分和谐。
歌姬曹安姗姗来迟，她演唱了一首并州小调，这首乐曲让狄仁杰有了一种似曾相识的感觉。他在酒过三巡的醉眠中听到有人提起四漆屏，他在兴致中询问滕坎，滕坎却说这是自家的日常小事，无需他太关心。狄仁杰却发现银莲步履恍惚，且在长廊中不时投以奇怪的眼神，他心里滋生了疑虑。
狄仁杰与洪亮回府后，仔细检查那具无名男尸，发现尸体前后胸部都有致命的刀伤，斩刀的手段非常残忍，像极了有着大仇的杀敌。因为尸体的身份在被麻风病毁容之后变得难以识别，洪亮便让马荣找来一位画师，为这具尸体画像以便识别身份。
另一方面，曹安每每在化妆镜前梳妆的时刻，都会想起多年前的一段往事。她穷途末路，险些被蓬海帮喽啰欺凌，然幸好有个蒙面人'黑焰'相救。如今重新见到狄仁杰，她的心情就变得复杂起来。
新的一天破晓，狄仁杰在查阅县衙的卷宗时，发现蓬莱县的县令职位已经空缺了三个月，然而令他感到惊奇的是，竟没有一个百姓上访告状。一片祥和的氛围在他看来异常的奇异，让他百思不得其解。
狄仁杰在明月坊再次听到那首并州小调，询问主事的人，得知曲手就是那位曹安。回到府中，他便向洪亮询问曹家的情况。马荣在街头巧妙的教训了一名无赖，并购买了新的靴子为他们的冒险作准备。
然而到了夜晚，滕府发生了一起重大的凶案，滕坎似乎被恶魔附身，竟然用手中的长刀杀死了他心爱的妻子银莲。清醒过来的滕坎在街头漫无目的地徘徊，他的脑海中不断浮现出那血腥的画面。最后，他来到县衙，敲响了告状的鼓，向狄仁杰请求赐死。
狄仁杰命人先将滕坎安置在一处安静的地方，然后带着洪亮赶到案发现场进行调查。在现场的一处角落，他们发现了一块四漆屏的残迹，让他们越加疑惑。而那个四漆屏的画面，原本是一对恩爱的夫妻，却在五天前突变为男子用刀刺向女子的画面，自此之后府中鬼祟不已，备感疑惑的狄仁杰和洪亮，开始了他们的新一轮调查。
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