李校尉眼中的好奇官员，狄仁杰，因其持续对一具尸体的迷恋，被赋予了此尸体的归宗权。李校尉在宽慰他时警告他，鉴于近期瘟疫的猖獗，他必须非常小心。这促使狄仁杰产生疑问，询问李校尉为何在发现尸体后如此长时间才将其焚毁。李校尉快速回答，解释了昨晚出状况的四个负责巡逻的童兵，并告知狄仁杰，他在尸体上找到了一张挂名'钟记质肆'的当票。
带着此尸体回来后，狄仁杰的同伴马荣推测，那些偷懒的童兵很可能在外面寻找乐子。与此认同的还有乔泰，他表示，对于军营里精力旺盛的男孩们来说，心思女性之事，自然无可厚非。然而，对于所谓的'钟记质肆'，马荣尔后将此事件与某人向官府报案的事情联系在一起，通过当票票根尚在店主手中可见一斑，他推测死者很可能是失踪的店主钟昉。
在一个深有意蕴的晚上，狄仁杰与曹安一道欣赏了震撼的皮影戏。戏中的故事描绘了一位雨神与凡间女子的爱情，当女子摘下了雨神的面具，雨神变成一只鸟，永远在空中飞翔，触动了观众的感情。曹安洞察未来，预知他们将面临连续一个月的雨季，于是亲手为狄仁杰制作了一件适合的蓑衣。然而，狄仁杰却羞于直言感谢，私下行将出走的秘密对他们间的关系造成了影响。
之后，有人请林掌柜来鉴别死者身份。林掌柜在确认尸体正是家主钟昉后，露出了深深的悲痛。在去往'钟记质肆'的路上，狄仁杰意外地得知了关于钟昉化作鸟人飞走的传闻，这让他感到十分困惑。林掌柜描述说，钟昉是个善良且单纯的人，他的梦想就是经营当地最大的商店'钟记质肆'。他对戏曲有着深深的痴迷，会长时间地在戏院内待着，不去理会其他人。
鉴于此，狄仁杰在钟昉的住所找到了一摞画卷，上面画的是皮影戏中的雨神形象。同时，服务女子带来了曹安精心制作的蓑衣，但当她找不到狄仁杰时，马荣接过了蓑衣，并告诫曹安，要她收起对狄仁杰的爱意，因为狄仁杰即将接受新的职务。
而在另一方面，曹安因为马荣所说的话而感到伤心，她对狄仁杰也变得冷淡起来。当狄仁杰询问关于黄莺儿的事情时，曹安透露，她曾经在戏班中见过黄莺儿，但发现她深陷于她对雨师的痴情之中，似乎分不清戏剧与现实的界限。
这时，马荣被乔泰兄弟发现悄悄返回，在承认自己去见过曹安后，她从背后取出一个海螺，暗示乔泰她又去偷东西了。于是，狄仁杰出门返回，眼见马荣偷偷摸摸的样子，他愤怒地斥责马荣不知检点，马荣在院子里怅惘，决定在雨中一直待到深夜。
在这其中，为了探查真相，狄仁杰在洪亮等人协助下，成功还原了雨师的装备，借此在黄莺儿面前出现。开始，黄莺儿误认为狄仁杰就是她所爱的"雨师"，但她很快发现狄仁杰的眼睛，明白前面的人不过是冒充自己所爱之人。这时，狄仁杰揭下面具，迫问黄莺儿与钟昉的关系以及钟昉的死亡原因。面对这些，黄莺儿内心受到极大的冲击，疯狂地企图用匕首伤害狄仁杰，但最后被狄仁杰轻易制服。
在混乱之后，狄仁杰发现了隐藏在角落的王三郎，他毫不犹豫地将其带回了县衙大牢。经过审问，王三郎最终承认，是他亲手杀害了钟昉。
王三郎的认罪令人匪夷所思，令狄仁杰怀疑背后隐藏着更大的秘密。坚定的信念导引他钻研字里行间，画出四名童兵的面相，指派马荣深入查询。同时，狄仁杰不放过任何细枝末节，连军营物资的公文也拿来研读。他发现，澎湃的物资流入反映出贪污分子横行，这个事实令他义愤填膺。
狄仁杰义无反顾地踏入风雨夜行，来到明月坊，通过门缝传达他的决心——他将把所有的事情查个水落石出。期间，他又前赴谯楼，目睹黄莺儿身着羽衣，傲然屹立在楼头。狄仁杰无奈之下，借用雨师之名告诫黄莺儿，尝试挖掘钟昉的死因。
失望在眼前上演，他未能阻止黄莺儿的决绝。原来的钟昉，爱上了黄莺儿，为了让她满足对雨师的迷恋，他化身为雨师与她共度时光。然而虚伪的面具低落之后，是钟昉的未竟表白，是黄莺儿的崩溃痛哭——最爱的雨师只是凡尘俗子，这个事实打破了她所有的期待。
乌云压顶的夜晚，狄仁杰并未回到县衙，动摇了曹安的心。同时，洪亮透漏出狄仁杰将离开这个地方，呼唤曹安的前行。然而，突如其来的士兵，却带来了一份要命的通知：童兵们已经被李校尉斩杀。机关算尽的李校尉，将自己描绘成慈父，教化了这些乞儿，并极力保护他们的荣誉，不希望因其他原因断送他们的未来。
狄仁杰领略到了死亡带来的无力感。无法接受的悲痛推着他，寻找曹安的存在。在明月坊，他对着冰冷的门面，倾诉出自己的无助。这些落掉的情绪，在夜色中洗刷他伤痕累累的内心。
清晨的曙光里，狄仁杰意识到自己身处曹安的房间里。霸宗手中握有的线索，揭示了那四名童兵的真实轨迹，并非辜负人道，而是前往酒楼。这个线索辗转登上了舞台，透露出李校尉唇枪舌剑之下的谎言，以及他掩盖的秘密。
这个秘密便是李校尉的谋划。贫民区的乔泰与马荣，在决定抓捕李校尉之前便已经留意到他。但在行动时，乔泰倒在了逃兵的罪名上。马荣找到了狄仁杰，告诉他自己的过去，原来他是孟将军的部下。倔强的他为了爱情，抵挡了所有的藩篱，而她却最终回到了原本的生活。
生死攸关的时刻，狄仁杰拿出了最后一搏，喊出李校尉的种种劣迹，等待支持者的援手。洪亮的出现，就像是晴天一道闪电，正义伸出了长臂，拨开了阴霾，李校尉走向了他应当站的地方。
曹安的舞动琵琶，知道她对狄仁杰的感情。然而，恐惧的是前途的未知，同时狄仁杰的调任，令她感到不安。为此，坊主制造了假象，将狄仁杰的遗险的消息向外传播，引发了曹安的焦虑和百感交集。
金色的夕阳逐渐西沉，暮色四合之时，狄仁杰及其随行人马踏入了位于边境的兰坊。这里与狄仁杰预想的富庶和繁华截然不同，反而充满了荒凉和危险的气息。街上，饥饿的人们像饿鬼一般争夺食物，而暴戾恶势的人则如同恶鬼一般四处作乱。尤其是被称为'独狼派'的帮派，他们霸占了本已不多的水源，还经常戏弄和殴打那些前来取水的弱势群体。在这样的恶行面前，正当狄仁杰准备出手制止之际，一位蒙面公子突然出现，他用自己脆弱的身躯保护着民众，用一袋银子换来了帮派的离去和片刻的安宁。
在深入兰坊的过程中，狄仁杰和他的随从们发现了许多人对他们进行着明目张胆的观察，目光中充满了敌意。而更令人震惊的消息是，兰坊的县衙居然在昨夜被一把火烧成了废墟。这一事件令狄仁杰难以置信，亲眼所见后，心中满是震惊。明白了兰坊治安的恶劣，狄仁杰他们选择了'红亭子'作为落脚之所，这里与外面的乱象形成了鲜明的对比，传来阵阵檀板丝竹的声音，显得格外的安逸和宁静。
在红亭子中，老板娘碧玉亲自引领着他们上楼，并向他们透露了关于兰坊的许多内情。只听碧玉介绍，兰坊有三股大势力——青龙帮、独狼帮以及玄虎帮，除此之外还有许多小帮派纷争不断。七年间，五位县令更迭上任，但均未能使兰坊恢复往日的秩序。更令人瞩目的是，兰坊曾经被一名神秘人物'黑焰'所统领，但后来黑焰突遭重创，整个力量体系也随之崩溃，兰坊再度陷入混乱之中。
在碧玉的讲述下，狄仁杰对兰坊的形势有了进一步的了解。尤其是让人瞩目的是，曾经因争夺水井而发生的玄虎帮与独狼帮之间的厮杀，可谓血雨腥风。狄仁杰见证了这一切后，深知兰坊的纷争非同小可，决定在合适的时机再做行动。在留意红亭子的各种信息时，他偶遇了歌伎秋月，意外得知了一个悲惨的消息——那位蒙面公子，李陶，竟然死于非命。
李陶的死引起了狄仁杰的重视，他开始深入调查李陶的死因。在秋月和碧玉的言语之间，狄仁杰发现了许多疑点。夜深人静之时，他和随从悄悄地进入李陶的房间，通过仔细的观察和推理，认定李陶的死并非自杀，而是一场精心设计的谋杀。在李陶的房间里，他们发现了隐藏在地毯下的许多借据和字条，透露出李陶生前与人交往的复杂。
调查过程中，狄仁杰与碧玉和李县尉有了更多的接触，随着线索的深入，碧玉的神秘身份和过往逐渐浮出水面。在与李县尉的交流中，狄仁杰发现此地还有更多背后的故事和隐秘，包括与碧玉相关联的一系列传闻与事件。通过一系列调查，狄仁杰渐渐勾勒出了事件的全貌，并在此过程中展现了他的智慧和勇气。
暮色深沉之时，狄仁杰带领队伍返回红亭子，却见街上聚集了许多百姓，在祭奠着李陶。那一刻，哭泣声、悲伤声交织在一起，充满了对李陶深深的哀思和对未来的迷茫。狄仁杰深知，解决兰坊的问题不仅仅需要智慧和勇气，更需要一颗包容和同情的心。此案不仅仅是一次简单的谋杀案件的调查，它还关系到兰坊的未来和众多百姓的命运。在这样的背景下，狄仁杰意识到，这或许是一个机遇，一个可以彻底破解兰坊局势，为这里带来长久和平的机遇。
在一片废墟上，狄仁杰操心地建立了一所临时公堂，冀望通过此举能够恢复兰坊一带失序的秩序，重铸法律的尊严。众人围观，但面对公堂，却没有一位民众愿意迈步前来，将心中的委屈告知。这不禁映照出，长久以来，人民对于官府的不信任与失望已经根深蒂固。在这种背景下，一名慌张的男童突然出现，急切地报告自己的父亲腿被人打断的事件，然而事情的发展却因为对方的拒不承认而陷入僵局。李县尉随后无奈地向狄仁杰透露了衙门被火焚的真相，是一场可以避免的天灾，却因为众人对衙门的漠视而未能扑救。这一切都反映了人们对县衙存在价值的无知。
面对混乱的局势，兰坊几乎成了各路豪强横行霸道的天下。狄仁杰深知自己此刻孤立无援，但仍旧在众目睽睽之下，拔去了焦黑的旗帜，庄重向百姓们宣布了县衙的主权。这一行为虽然令旁边的洪亮担心不已，却得到了曹安的理解与支持，使得洪亮内心感到一份莫大的欣慰，对于狄仁杰有了更加坚定的信任。紧接着，曹安在整理着文书资料时，意外发现了狄知逊悲剧的始末，被黑焰胁迫至绝路自尽的真相，即便最终真相大白，人已物故，对狄仁杰的冲击依然不小。黑焰组织因此暴露而被剿除，但伤痕已经形成。
与此同时，狄仁杰对于'怀英'二字刻在桃木剑上的由来颇感好奇，可洪亮总是以时间久远为由回避。在调查李陶死因时，胡仵作的疯癫行为消耗了狄仁杰大量的耐心。胡仵作时而躲闪，时而坚持李陶是自杀，行为之奇怪吸引了狄仁杰的注意。当一个人匆匆来找胡仵作拿药时，他随手记录的举动更是激起了狄仁杰的警觉。
调查陷入僵局，狄仁杰决定对红亭子的人员进行清点，而他自己则单独寻找秋月，希望能从她身上窥得一二。遇到的是秋月坚决的否认以及对于自己与李陶间感情的回忆。秋月讲述了自己的身世，以及她是如何在生死边缘被碧月所救，从而留在兰芳的经历。对于李陶的感情，她既有动摇也有恐惧，对于真挚情感的可能性心存疑惑。
在查找李陶死因的过程中，洪亮发现护院魏城不翼而飞，一行人最终在魏城家中找到了他，临死前他坚称自己无罪，并透露了有人暗中放出消息寻找真凶的线索。这让狄仁杰联想到李刺史急于为儿子报仇，直接前往李府，得知李刺史因病急躁，决心自己揪出凶手，狄仁杰在此承诺，定会为他们父子讨回公道。
返回途中，狄仁杰得知胡仵作的住处被人纵火，李陶的尸体也因此消失。从李县尉等人的谈话间，狄仁杰感到警队中可能混入了内鬼。为此，他组织了一场戏，假装胡仵作已醒且提供了关键线索，果然引来了内鬼的暗中通风报信。狄仁杰通过精心布局，终于揪出了隐藏在暗处的敌人，为案件的侦破迈出了决定性的一步。
在危难之际，狄仁杰独身前往寻找钱灏，希望对方能够放弃暗花这一行为。然而，在他的话音未落时，一支箭矢从暗处射向他们，透过一连串默契的配合，他们成功地把来自独狼帮的威胁消除。钱灏虽然因为狄仁杰曾经救过他而选择放过狄仁杰，其倔强的性格却使他坚持要接暗花，并扬言会对狄仁杰的调查队伍全员动手。
狄仁杰回到红亭子时，秋月已经在他不知情的情况下离开，为了找到她，他开始分析秋月可能会去的地方。在许多的可能中，狄仁杰将目光锁定在了离城不远的红柳村，不过那里只留下了一些痕迹，暗示着玄虎帮已经带走了秋月。这使狄仁杰怀疑衙门中存在内奸，特别是在白主簿神秘失踪的情况下。
狄仁杰为了揭示内鬼，故意在李县尉面前做出无路可走的样子，并将一封信交给李县尉转交给李刺史，这使李县尉无法抗拒揭示自己的身份，修饰自己为了保护家人才不得不向钱灏低头，希望狄仁杰能改变兰坊目前的状况。就在这个时候，狄仁杰发现自己办公桌被人锯断了。
狄仁杰从红柳村中找到了秋月最喜欢的簪子，通过现有的这些线索，让他推测出秋月失踪的真相可能被碧玉隐藏。为了让碧玉说出秋月的下落，狄仁杰只好自导自演一出戏。然而尽管狄仁杰已经明示了要威胁的对象是碧玉，她还是没有言语，落入了无端的危险中。狄仁杰毫无头绪，寻求曹安的帮助解决困扰。
在曹安的建议下，狄仁杰开始尝试换一个思路解决问题。如果秋月真心爱着李陶，那李陶可能是因为某种原因选择了自杀。这使得狄仁杰有了新的启示，与此同时，胡仵作恢复意识并开始画画，终于画出了一张让他满意的沙蚤图。胡仵作表示，他亲眼看到一群沙蚤从李陶脖颈的红点出来，于是在情急之中放火烧尸，以防止沙蚤感染其他人。
李刺史坚信秋月就是杀死他儿子的凶手，于是挟持秋月出现在众人面前。好在狄仁杰及时赶到，揭露了李陶因感染沙蚤即将丧命的事实，而沙蚤的来源正是李刺史养的郁金香。经历了种种痛苦和悲痛后，李刺史果然如此，感到万分愧疚和痛苦，他走进儿子的死亡房间，结束了自己的生命。
城防大军抵达兰坊，奋勇剿灭本地帮派，狄仁杰的威望在兰坊树立，恢复了应有的法度秩序。在众目睽睽下，狄仁杰悄悄地发现有名蒙面男子在密切监视着自己，狄仁杰不禁感到事有蹊跷。然而，在治安刚刚稳定的时候，城市里却再次发生了一桩复杂的血腥命案，紧张的气氛再次笼罩了这个城市。
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